危机重来
后来，志乃跟父亲及族人迎战‘晓’的小南，之后小南带走弥彦与长门的尸体并脱离‘晓’。及后鸣人回到木叶，他与父亲也在迎接的群众行列内。
与红班、凯班及阿斯玛班成员聆听了樱出发前请求保密的事件。油女志乃被分配到第五部队特种战斗联合军部队，与山中井野、犬冢爪、犬冢牙同一队，他认为这个时候不能表现太过高调，却因此引来井野的吐槽。
之后，油女志乃作为增援部队加入战场，各个班都拿出自己的绝招对付十尾分裂体。志乃通过使用寄大虫·虫蛀的招数，成功击败一只十尾分裂体。之后鸣人和佐助练手使用“威装·须佐能乎”对战十尾人柱力的宇智波带土时，志乃和忍者联军一道帮助鸣人和佐助，最终在众人的配合下，带土终于被击败，之后和忍者联军一道对战宇智波斑。成为十尾人柱力的宇智波斑使用无限月读后，志乃陷入幻术梦境，梦中的他终于找到了虫的新品种。后鸣人和佐助解开无限月读，志乃重获自由。
等他们哭的差不多的时候，夕日红过来安慰他们几个。
宇智波林渊看见她，心里很不是滋味。
红和卡卡西等人同时从忍者学校毕业，16年前九尾入侵木叶时，红只是一个10多岁的忍者，被保护在结界中，红激动的想出去加入战斗，这时她的父亲夕日真红也同时出现。告诉她虽然是一个忍者，可能会死，但红也是一个女人，至少要把火之意志托付给他的孙子，希望红能答应她，然后就去加入对抗九尾的斗争中。
她跟卡卡西、阿斯玛等人分别向第三代火影猿飞日斩推荐了自己的学生，参加中忍考试。她所推荐的是犬冢牙、油女志乃及日向雏田三人。尽管阿凯认为让初从学院毕业的学生参加中忍考试十分冒险，但最终参加请求还是被火影所接纳。
她见证了三个学生在第三场预选试的表现：她对于牙败给鸣人，认为这是鸣人的实力已在他之上，故认为牙不应感到羞耻；对于雏田面对强敌宁次，仍表现出过往未曾有的勇气，她深感欣慰，并在雏田被宁次重重击倒之际，出手阻止宁次继续攻击；志乃是她小队中唯一通过预选试的考生。
在第三场正式考试之前，她让牙及雏田跟志乃练习，以准备应付即将到来的淘汰赛。
不料，在考试中却出现了突如其来的演变，木叶村遭到大蛇丸的突袭。她便跟在场的其他木叶忍者一起应付众多的音忍及砂忍。
木叶崩溃战后，全村均见颓垣败瓦。为了防御外敌趁机入侵，她便和上忍猿飞阿斯玛一起巡逻。他们却偶然遇上了已叛离木叶隐村、宇智波一族的天才宇智波鼬，及其搭挡前“雾忍七刀众”干柿鬼鲛。她知道宇智波鼬此次回来必不怀好意，所以便跟鼬打了起来。她以魔幻·树缚杀之术攻击鼬，却反被鼬克制，中了自身的术，后更被鼬一脚踢到湖中。另一边的阿斯玛也不敌干柿鬼鲛。
危急之际，卡卡西及时赶到支援，劝她及阿斯玛把眼睛闭上，以免中了鼬的幻术。不料卡卡西的写轮眼亦不敌月读，鼬亦准备让鬼鲛杀掉她及阿斯玛。幸好阿凯及时赶到，把鬼鲛踢飞，并提示她可在攻击敌人时看着自己的脚部，就免于中了对方的幻术。不过，面对众多木叶上忍，鼬及鬼鲛亦不欲多战而选择撤退；红等人亦把卡卡西带回医院救治。
正当阿斯玛率领一众中忍奈良鹿丸、神月出云、钢子铁他们追捕“晓”的飞段、角都时，红也正身怀六甲。当她在家替花浇水时，看见花的折落，心中早已有不安的感觉。
后来得知阿斯玛真的出了意外，伤心得差点儿晕倒。
飞段、角都被击毙后，鹿丸到阿斯玛的坟前拜祭，刚巧遇上了红。鹿丸对红承诺，因自己从前得到阿斯玛的照顾，所以他也要为红的腹中孩子好好打算，将来要成为孩子的好老师。红十分感激鹿丸，亦替阿斯玛深感安慰。佩恩袭击木叶村时，红因怀孕而躲在村里的角落避难。
现在，说什么都晚了……
宇智波林渊长出了一口气。
而接下来，就是鹿丸，丁次，井野了。
宇智波林渊这才想起来，井野好像也是上忍了！
中忍第二场考试期间，井野一队希望寻找到一组垃圾队伍去战斗以顺利过关。在寻找过程中，井野的小组发现音忍正与幼年好友春野樱战斗时，井野犹豫着该不该出手帮忙。不是不想帮忙，只是担心队友的安危，毕竟敌人实力估计比大家强。但是在鹿丸的鼓励下，井野拖着鹿丸和丁次加入战斗后，井野使用身心转换术控制了琴·槌的身体以迫使音忍投降，交出地之卷轴后赶紧离开。可音忍的其他队员却毫不犹豫地进攻琴被控制的身体，这使得战斗更加复杂。直到佐助的苏醒，井野他们才脱离战斗，让佐助将音忍们击退。
在决赛资格赛中，井野与春野樱对决。在赛前“热身”后，井野出人意料地割断长发，让所有人都觉得她是被樱的话气疯了。事实上，这是井野的计策，给对手制造错觉后，井野把查可拉融入撒落满地的头发好抓住樱使其不动，以便身心转换术100%成功。身心转换术释放成功，于是控制樱举手弃权。可是樱的内心却被漩涡鸣人的一番话打动，将身心转换术挣扎掉。两人筋疲力尽使出最后一击，双方互中一拳，虽无大碍但却倒地不起，导致平局。可井野并不为此沮丧，还鼓励小樱。后来樱坦诚说，如果没有漩涡鸣人的声援，也许她就败给井野了。
之后，木叶监狱突然被破坏，无数犯人从监狱里逃出。原来这是曾经想盗取封印之书的水木教唆怪力2兄弟干的。为了捉回逃犯水木，卡卡西的通灵兽帕克，漩涡鸣人以及伊鲁卡老师一起去追捕，可是怪力2兄弟却把鸣人与伊鲁卡老师分开，于是鸣人陷入了苦战。就在这时候，怪力2兄弟突然停止了行动，原来井野，鹿丸，丁次奉纲手命令来协助鸣人，他们示意让漩涡鸣人先走，让漩涡鸣人去帮助伊鲁卡老师。在漩涡鸣人走之后，第十班使用了他们猪鹿蝶阵法，于是，其中的一个怪力男被束缚，另一个被井野附身，可是鹿丸的影子模仿术并不能顺利的束缚怪力男，被影子束缚住的怪力男打了被井野附身的怪力男一拳，将井野的精神打出。为了战胜怪力兄弟，鹿丸使用了影子勒颈术，井野也使用了她的新术心乱身之术，丁次也使用了新术部分倍化术，组成了新阵型。可惜他们的实力与怪力2兄弟差距太大。在第十班陷入困境的时候，宇智波林渊出现了，他使用了金缚之术将怪力兄弟束缚，并用手指将他们弹飞，在宇智波林渊的言语相逼下，怪力兄弟终于回到了监狱。后来，井野外观改变不大，只是拿下了缠在身上的绷带，头发重新留长，刘海遮着右眼，带上一个红色发夹，换了一件露腰的紫衣，身材不错。和大部分同届忍者一样，井野也晋升为中忍，常在家里照看花店。
因为阿斯玛老师生气而前找丁次，结果发现丁次和鹿丸一起。由于丁次解释说有怪人攻击他们而目寻那怪人，结果发现鸣人站在屋顶上而挥手向他打招呼。第七班完成任务后，第十班前去探望卡卡西，刚好第七班也在场。井野发现了第七班的新队员佐井和佐助长的很像，因此对他大有好感。阿斯玛为了和卡卡西商量事件而支开大家说他请客，结果第七班和第十班到烤肉店聚餐。在自我介绍时，佐井打算给丁次和井野取绰号，吸取上次的教训后，给井野取名美女。
井野和丁次作为支援队参与追捕晓成员，在赶去支援阿斯玛对时却只是见到了弥留之际师傅阿斯玛。证实了阿斯玛四处要害重伤，虽然知道自己无力回天，井野还是努力用自己的医疗忍术为师傅疗伤。阿斯玛自知不久于人世，给学生们留下遗言。他告诉井野，她是个坚强而且乐于助人的女孩，因此可以照顾丁次和鹿丸。他还要井野在忍术和爱情上都不能输给樱，井野含泪一一答应。
阿斯玛死后，井野与鹿丸、卡卡西、丁次一起追捕角都和飞段，为师傅复仇。这次战斗中也未有过人表现，只是战斗前用心转身之术控制一只鹰寻找并发现了敌人，本来井野想使用心转身之术进飞段精神好把他引开，这样的话卡卡西、大和、丁次就好对付角都，但后来鹿丸担心“心转身之术”没打中的话就功亏一篑。后来井野要替卡卡西疗伤的因为事情紧及后来便没办法替卡卡西老师进行治疗，在鸣人击败角都后，她为鸣人紧急治疗。为了避免三尾落入别人的手里，火影命令静音、井野、天天、李前去后援。然后以静音为队长，井野、樱、雏田四人组成封印班。开始封印之术时，井野险些撑不住，可是回想以前学习医疗忍术的时候，又站了起来。四人搜寻到三尾，正式开始封印三尾。期间井野因敌人袭击而没法集中精神，险些破了封印之术。可是第一次封印三尾依然失败。
佩恩六道入侵木叶，她和父亲山中亥一、静音及另一名暗部逃离‘佩恩畜生道’的追击，却被另一名佩恩“人间道”追踪。对方突袭并抓住了静音作威胁，后来亲眼见到静音的灵魂给佩恩人间道抽走。
长门使用轮回天生之术后，井野看着静音复活。
后来在战斗里，井野被分配到第五部队特种战斗联合军部队，与犬冢牙、犬冢爪、油女志乃同一队，并且在出发前吐槽志乃过于低调。后来鹿丸、井野、丁次联手对抗拥有“史上最凶恶犯人”之称的金银角兄弟。因金角九尾化而导致战局不利，这时奈良鹿久通过山中亥一的术传话给鹿丸、丁次、井野及达鲁伊，说明怎样成功封印金角的方法。这需要“猪鹿蝶”的完美配合才能做到。待“猪鹿蝶”出现在金角面前时，其他人用苦无掩护，趁金角不留神，丁次使用“肉弹战车”攻击金角。金角将丁次抛出去时，鹿丸立刻用“影子模仿术”定住金角的行动。但金角仍脱离的术的控制，这时，井野掌握好时机，用“身心转换术”进入金角的意识，回答了达鲁伊的问题，用六道仙人遗留的宝贝“琥珀净瓶”将金角封印在瓶内。通过猪鹿蝶的配合，成功封印了实力大打折扣、无法发挥生前实力的金角。
击败金角后，猪鹿碟三人准备与被复活的角都开战。但是鹿九要他们将角都交给出云和子铁，阿斯玛被药师兜使用“秽土转生”之术复活，并与自己的学生鹿丸、丁次、井野展开交战，丁次对此有所犹豫，但是井野要他回想阿斯玛的遗嘱。和阿斯玛交手前，阿斯玛称赞三人已成长了。但是丁次仍然无法对阿斯玛下手，这时阿斯玛使出“风遁·沙尘暴之术”向丁次攻击，导致井野前去把快被攻击的丁次推开。意识到丁次有危险，井野迅速使用“心转身之术”控制丁次的身体，这时潜伏在身后的白绝兵向井野偷袭，但被鹿丸用影子模仿术控制井野的行动踢开，这时候井野开始在意识里和丁次作心里开导。最后丁次振作起来，井野解开心转身之术。然后井野用心转分身之术控制两个白绝，进行体术战斗来牵制把阿斯玛逼到死角去。阿斯玛最后被封印，封印前称赞他们三人的猪鹿碟阵型是最完美的。后赶往鸣人所在的战场，在危机时刻通过白眼的定位并使用心转身之术控制了带土，2秒钟内使尾兽玉偏移救了鸣人他们。
重来
后来包括山中亥一在内的仍位于忍者联军总部的成员全部被十尾的尾兽玉击杀，殉职前向忍者联军传达了最后的作战计划内容，同时鼓励众人，并向众人告别。井野一度因父亲的殉职而悲痛落泪，后在鹿丸的鼓励而振作起来，并借由鸣人的九尾查克拉二次对带土进行控制，帮助鹿丸与黄土对话，后瞬间全盘通知忍者联军发布命令。
各班都在比较实力，第十班猪鹿蝶阵型用E阵型，井野使用感知能力感知周边的敌人并使用心心相传详细的把事物位置与敌人下一步的动向，进行感知共享，配合之下击败众多十尾分身。
宇智波斑发动无限月读后，井野和其他人一样中了无限月读。陷入无限月读后，井野梦见自己最希望看到的事情——被宇智波佐助和佐井争着拿着鲜花表白，而山中亥一则在一旁高兴地看着自己的女儿如此受欢迎。
而接下来就是雷影一行人了。
现在快要新一轮五影会谈，正在等待的时间，正好听说了猿飞日斩的死讯。
艾自幼能力出众，从小在三代目雷影严格的教育和悉心呵护下成长，在云隐村每任雷影都必须有个搭档的规矩，艾成为雷影候补后，三代目雷影招来了大批新生代忍者，他们之中能继承“比”之名的只有一个，在辅助雷影最大发挥的同时，还得担任雷影的护卫，这就是“比”的重任。期间由土台作为“绝牛雷犁热刀”能力测试的主考官，负责考验他们与“艾”的协调性，要求他们与艾一起用绝牛雷犁热刀打断橡胶人偶的脖子，必须左右同时施加相同的力量才能成功，然而成功者却寥寥无几，三代目雷影与土台原本满怀期待却大失所望。
而就在这时，三代目与土台看到了希望，奇拉比与艾配合成功，从那以后比成为了艾的兄弟。他与“比”之间的牵绊是从小就开始培养的，坚不可摧....关系胜似亲兄弟。
在第三次忍界大战中，AB组合以绝牛雷犁热刀威震忍界，先后战胜了砂隐、岩隐等众多忍者。
在夜晚休息期间，艾为了能让比快快长大长些力气，因此，让比多吃点猪腿，毕竟现在的绝牛雷犁热刀并不是艾最满意的，现在的艾只是在配合比的力量。
由于历任人柱力的力量尚且无法完全控制八尾的力量，八尾暴走无数次，使云隐村遭到了严重破坏，艾在父亲三代目雷影的带领下封印暴走状态下的八尾，艾开启雷遁查克拉模式使用雷虐水平千代舞单手斩断八尾的左角。趁这机会，三代目雷影将八尾封入琥珀净瓶中。这场战斗伤亡惨重，牺牲了八名精英忍者。
而八尾暴走的真相则是：大蛇丸瞄准布瑠比意志薄弱之时潜入云隐村，利用特质幻术药丸使其全身麻痹动弹不得，随后解除了铁甲封印，迫使八尾与布瑠比分离出来，而八尾也因此在无形中暴走，大蛇丸趁机刮取八尾的牛角，由于幻术药丸的强大，无论八尾再怎么努力都想不起当时暴走的情形...
由于布瑠比的死，云隐方面出于战略需要，为了维持尾兽制衡，保护国家不受侵略，艾与父亲三代目雷影最后决定将八尾封印到比的身体里，令艾感动的是，比身为人柱力，虽然无数次遭到村民的冷眼和排挤，但始终却保持着积极乐观的态度，不久后，艾率领奇拉比与波风水门展开了激烈的对战，在战斗过程中，艾使用雷斗忍遇须吐励刀企图击败水门，但却被水门躲过，随后艾险些败在水门之手，但所幸被奇拉比利用八尾的尾巴使艾躲过水门的攻击，随后艾冷静的分析出水门能用瞬身术移动至任何一个苦无的位置。此时的艾已经基本掌握了画着标记术式的苦无位置，只要水门下一次出现在某个苦无处，艾就能凭速度战胜他，然而，令艾没有想到的是，水门移动在了事先在奇拉比的八尾触角上做了标记的位置，但奇拉比也同样手持忍刀瞄准水门的身体，水门称赞奇拉比的动作简直就像杀手，因此，三人的交手告一段落。
第三次忍界大战结束后，战争还在继续，父亲三代雷影为保护村子力竭而死。艾痛心不已，随后继任雷影之名。他以雷影的身份要守住村子和国家，继承了父亲的意志，并要求比进入云雷峡开始尾兽玉的训练，发誓不会让敌人触碰到比。随后下令严禁比离开村子，并嘱咐比如果有敌人入侵在远处用尾兽玉击溃他们即可...他将雷遁查克拉模式磨练得非常熟练，惊人的速度不会输给“黄色闪光”。在四代火影去世后，艾号称“忍界速度最快的人”，速度之快犹如蓝色闪电！
在第四次忍界大战前夕，艾得知弟弟奇拉比被“晓”捉走之后大为震怒，为解决尾兽不断被”晓组织“捕捉的问题，四代目雷影·艾邀请各国四影参与史上并不多见的“五影大会”，期间由达鲁伊、希担任四代雷影的护卫。
之后会谈由于“宇智波斑”的介入而中止，其向五影说明要发动无限月读的意图，交涉无果后，宣告发动第四次忍界大战。后众人决定成立忍者联军，保护世界。
在奇拉比与干柿鬼鲛战斗时，及时赶到搭救奇拉比，并与其合力使出“绝牛雷犁热刀”，将鬼鲛头颅斩断。
而后在宇智波林渊苏醒后的五影会议上被任命为忍者联军统帅。会议结束后与纲手密谈，向宇智波林渊透露鸣人、奇拉比藏身之处实为自己曾与奇拉比修炼的场所，并告知了让奇拉比教授鸣人控制九尾查克拉的意图。大战开战后担任忍者联军总大将，坐镇总部，之后和宇智波林渊一同前往阻止执意奔赴战场的鸣人与奇拉比，以一己之力轻松压制两位人柱力，最初在速度、力量上完胜九尾查克拉模式下的鸣人，后来以波风水门的失败为由劝说鸣人放弃上战场的想法。但在被奇拉比以绝牛雷犁热刀击倒后，被奇拉比、鸣人、宇智波林渊三人的轮番劝说所打动，选择以全力模式对鸣人进行最后的测试，在鸣人成功躲过其全力一击后，允许二人奔赴战场。
被药师兜以秽土转生形式复活的宇智波斑出现在战场后，和其他四影一同来到战场与斑交战，战斗中配合土影成功击碎斑的须佐能乎，但最终在斑压倒性的力量下败北，并被其重伤，而后在蛞蝓体内疗伤。
之后在大蛇丸等人的帮助下，成功复原，并与五影一同前往战场。在战场中与其他四影一同指挥忍者联军攻击神树。宇智波斑发动无限月读后，艾便身中月读且被神树捆绑在神树上。第四次忍界大战结束时，与其他忍者一同从无限月读中解脱出来。
正当宇智波林渊感到伤感的时候，宇智波止水突然来到宇智波林渊的身边，耳语几句。
“什么？”
宇智波林渊大惊失色。
“就是这样！”
宇智波止水点点头。
“知道了。”
宇智波林渊马上稳定下来，装作若无其事。
“宇智波林渊大人，怎么了？”
静音来到宇智波林渊身边。
“没事。”
“下一个是您，请准备一下。”
“好。”
宇智波林渊整理了一下衣服。
“绝……你究竟还想干什么？”
宇智波林渊看了眼天。
数千年前，辉夜在被封印的瞬间挤出最后一点力气产下了黑绝，黑绝一出生便犹如一滩水洼一般，可以自由潜入地底。
但是辉夜产下黑绝、以及黑绝为了复活母亲而奔走的这个真相连羽衣都不知道。
由于被留下的黑绝没有任何力量，所以他只能潜伏在黑暗中，小心翼翼地制定复活母亲辉夜的计划，与此同时，对这些一无所知的羽衣，有了儿子因陀罗和阿修罗，还创造了忍宗，最终羽衣走完了一生。临死前他将尾兽们分散到世界各地。
复活母亲辉夜有两个必要条件，一是神树，二是轮回眼释放的无限月读，然而轮回眼所必须的羽衣查克拉，却被分散到了因陀罗和阿修罗身上，能够组成十尾的尾兽们，也被分散到了世界各地，想复活辉夜，就必须集齐这全部的要素，因此，黑绝需要一段漫长的时间。首先黑绝为了重新凑齐羽衣的查克拉，决定利用在继承人之争中败北的因陀罗，黑绝挑唆他，然后让因陀罗的后代宇智波一族成为了黑绝故事中的角色。
羽衣编写的拙劣脚本也被黑绝稍稍作了修正，也就是羽衣留下的石碑，被黑绝改写了，只有无限月读才是拯救宇智波的途径，而宇智波却毫不知情，演得非常出色，因陀罗和宇智波，阿修罗和千手，彼此为追求力量而争斗的情节达成了，自那以后不知多少次，黑绝接近两族因陀罗和阿修罗的转生者们，试图激发轮回眼。却一次次失败，仅是执行这些步骤，黑绝就花了一千多年的时间。而当转生者变成宇智波斑和千手柱间的时候，黑绝终于确信，斑有能力做到，这是复活母亲辉夜的第一步。然而宇智波斑败在了千手柱间手下，黑绝以为一切都回到了起点。但命运却没有抛弃黑绝，斑的尸体对于忍者而言就是一座宝库，潜心研究写轮眼之谜的扉间并没有处理掉斑的尸体，而是将斑的尸体藏在了木叶的深山，斑也不傻，他算准了即便败在千手的手下，扉间也不会处理掉自己的尸体，于是对自己施了术，万花筒写轮眼，能够以时间差把术施放在眼中，就像鼬以时间差把天照藏在佐助的眼中一样，斑将伊邪那支设在了右眼中，他以右眼为代价改写现实得以复活，并将影分身装成尸体。事后，斑吐出从柱间身上咬下的肉块，把它移植到自己的伤口上，此后，斑终于开启了轮回眼，召唤来了外道魔像，并且他还用外道魔像培养柱间肉块，意图获得永生，在这个过程中，班偶然间得到了一种魔物，那就是白绝，可事实上这不过是黑绝把曾经中了无限月读的人们从外道魔像中提取出来给斑看了而已。两股相反的力量互相作用，得森罗万象，斑一如石碑修刻的文字那样，对柱间的执念愈发强烈，于是，黑绝让自己彻底成了宇智波的影子，假装是斑创造了自己，操纵带土，开始了回收尾兽的计划。
之后黑绝促使晓结成，引导他们走向战争，为了增强战斗力，黑绝故意让兜发现了斑的尸体，并引导他将斑的尸体用作交易的筹码，为带土提供助力，然后这场战争使无限月读按计划发动，大量分散各地的人类查克拉被集中在一起，以便于复活母亲辉夜。在斑发动无限月读后，黑绝趁斑与鸣人等人对话的时候，悄无声息的来到斑的背后，用手贯穿了十尾人柱力斑的身体，然后地下爆发出高密度的查克拉，这些查克拉逐渐被斑的身体吸收。斑的身体终于因过度吸收查克拉而极度膨胀，并最终变化为辉夜的形象，辉夜终于在斑的身上复活。辉夜自称这片土地是自己“重要的苗床”，并打算消灭未被“无限月读”影响的第七班成员。黑绝也回到了自己的制造者的身边。辉夜复活后，黑绝藏在母亲辉夜的衣袖里，在鸣人与佐助联手和辉夜交战时，黑绝附身在二人身上，以此定身二人的行动，黑绝在吸收他们查克拉的同时，将关于自己的一切真相告诉了鸣人和佐助。黑绝为了计划的成功实施建议辉夜不吸收鸣人的查克拉而直接干掉他，辉夜无奈之下最终还是痛下杀手。最后连同辉夜一同被鸣人和佐助用六道·地爆天星封印在了辉夜的始球空间。
暂时平静
正在默哀的宇智波林渊，看到了身后的两位水之国的忍者。
上一任的水影照美冥和长十郎。
在第三次忍界大战中，照美冥察觉到第四代水影疑似被幻术所操控，于是让青使用白眼解除第四代水影身上的幻术，若干年后第四代水影逝去，雾隐方面不想闹大事情，因此一直将此事作为机密隐藏起来，失去水影的雾隐村一直由长老“元师”掌管大权。因为这位长老拥有跟水影同等的权力，所以村子里重要的事项都要咨询这位长老的意见。为了抹去雾隐村被称为血雾之里的恐怖政治印象，照美冥在长老“元师”的认可下，推行和平开放的政策，让雾隐村的形势逐渐改变。
在第四次忍界大战前夕，为解决尾兽不断被”晓组织“捕捉的问题，第四代雷影·艾邀请各国四影参与史上并不多见的“五影大会”，由于在第四代水影去世后，雾隐一直由雾隐长老元师掌管大权，如今长老元师年事已高，行动不便，于是元师将水影斗笠授予照美冥。让她前去参加五影会谈，照美冥接过水影斗笠后，带领着长十郎、青一同前去。在会谈上照美冥对第五代风影我爱罗给予尊重和称赞。后来因带土的介入而中止。五影会谈后照美冥加入忍者联军。
在第四次忍界大战中，照美冥担任大名护卫队的首领，与不知火玄间、并足雷同、叠伊瓦希一起负责保护五大国的大名，让其免遭绝的黑手，最后黑绝被长十郎击败而离开。当斑出现在战场时，照美冥被木叶的不知火玄间、并足雷同和伊瓦西以飞雷阵之术传送到战场，与其他四影联合对抗宇智波斑，但在拥有柱间细胞的斑的强大实力以及秽土转生的不死之身下终究落败，身受重伤。被宇智波林渊以及大蛇丸等治疗后再次到达战场，却被阿飞牵制住行动。
宇智波斑发动无限月读后，照美冥与其他人一样身中月读且被神树捆绑在神树上。梦中的她终于结婚了，并且其他四影都来参加了婚礼。后来漩涡鸣人和宇智波佐助联手解除无限月读，照美冥等忍者联军终获自由，第四次忍界大战胜利结束。第四次忍界大战结束后，照美冥卸任并将水影之位交给了长十郎。时隔多年仍然没能结婚，并一直为此苦恼着。
而长十郎在第四次忍界大战前夕，为解决尾兽不断被”晓组织“捕捉的问题，四代目雷影·艾邀请各国四影参与史上并不多见的“五影大会”，由于在四代目水影去世后，雾隐一直由雾隐长老元师掌管大权，如今长老元师年事已高，行动不便，于是元师将水影斗笠授予照美冥。让她前去参加五影会谈，照美冥接过水影斗笠后，带领着照美冥和长十郎、青一同前去。在第四次忍界大战期间，随同五代目水影一起作战，击败了黑绝。
在第四次忍界大战结束的若干年后，长十郎继任六代目水影之位。曾经青涩的他如今也变得成熟了不少，下巴也有了胡须。他跟鸣人、我爱罗、黑土、达鲁伊一起参加新一轮的五影会谈。
“你们也来了？”
宇智波林渊注意到，一位老人过来向他们搭话。
正是土影。
大野木是初代目土影·石河之孙，自幼能力出众，从小在初代土影、二代目土影严格的教育和悉心呵护下成长，初代目土影亲自交给他“清洁镇村之石”的任务并亲自指导，其间他对岩隐村的意志“象征坚韧不拔、岿然不动的“石之意志”做出了深刻的解释，而这段演说也对大野木的一生有相当深远的影响。二代目土影·无教会了他合并风火土三种性质变化的血继淘汰·尘遁，并将“石之意志”传递给大野木，影响了大野木的成长与发展。乱世时代，他跟随师父无一起经历了许多战争。为了跟自己的师父一起保护村子，他常常都和其他村子对战到天亮，建国初期，无曾带领弟子大野木一同前往木叶进行外交，结果与宇智波斑相遇，关于岩隐与木叶的同盟被斑拒绝，并且无与大野木皆受了重伤。
在二代目土影去世后，大野木继任土影之位。在第三代土影的时代，大野木培养出以黄土、黑土、赤土、魔蛭、火光、大石、须磨志、东死人、文牙、一反、狩、老紫、汉为代表的岩隐忍者。他将土遁忍术与血继淘汰·尘遁的技能加以提升，磨练得十分熟练。进入老年时期，他唯一的弱点，就是有时候会突然闪到腰。在任期间，使村子走向太平盛世，可说是开创岩隐村全盛时期的人。岩隐与木叶交战，东死人率领岩隐大军进攻火之国，成功将美村叶卷率领的木叶防御部队逼到只剩下四个人的困境，后被及时赶到战场的波风水门解决。魔蛭使用影分身之术与剑术砍伤卡卡西的胳肢窝，后被波风水门从背后袭击。大石使用忍法·迷彩隐使身体透明化以此顺利掠走野原琳，并砍伤卡卡西的左眼。后被开启双勾引写轮眼的带土手持苦无击杀。火光使用土遁·岩屋崩使山洞的岩石瞬间倒塌，夺取了带土的性命。并利用刀刃击碎木叶白牙的忍刀。后被移植带土写轮眼的卡卡西以千鸟击杀。须磨志率领岩隐大军及时赶到使用土遁·裂土转掌攻击卡卡西等人，后被及时赶回的波风水门解决。
在第四次忍界大战前夕，为解决尾兽不断被”晓组织“捕捉的问题，四代目雷影·艾邀请各国四影参与史上并不多见的“五影大会”，期间由赤土与黑土担任大野木的护卫。大野木和赤土、黑土一同前往准备五影会谈所在地铁之国。已是78岁高龄的他逞强想要自己背行囊，但却腰痛发作，赤土只好把他放在自己的肩膀上开始出发。在会谈中大野木看到我爱罗年纪轻轻便成为五代目风影而诧异，大野木认为五大国被夺走尾兽是耻辱却被我爱罗认为迂腐。随后由于青发现团藏利用别天神控制三船，接着三船清醒后，我爱罗提出人与人应该有信赖，并向大野木他们询问何时抛弃了自我，从而使大野木重新回忆起了当年的自我。在听完神秘面具人的宣战通告后，大野木坚定信念，与其余国家建立忍者联军，保护忍界，接着提出让八尾和九尾的参加战斗，但三船表明忍者联军的力量不可估量。
后来的五影会议上，大野木与纲手针锋相对，展现出咄咄逼人的态势。
在得知情报泄露，龟岛被迫需要转移时，大野木自告奋勇与赤土、黑土一同前往护送龟岛。大野木在龟岛与药师兜和被秽土转生的迪达拉相遇并交战，迪达拉不断对龟岛释放起爆粘土使龟岛动荡不安，大野木开始对迪达拉使用尘遁，但因为怕波及到龟岛因而赤土阻止了大野木，兜捉住大和后将迪达拉召回，大野木认为情报可能从大和身上泄露。而后大野木以超轻重岩之术单手举起龟岛飞至目的地。
第四次忍界大战前夕，为解决尾兽不断被”晓组织“捕捉的问题，四代目雷影·艾邀请各国四影参与史上并不多见的“五影大会”，大野木与黑土与赤土一同前往五影会谈。期间由赤土与黑土一同担任三代目土影·大野木的护卫。10月8日，大野木迎来79岁生日。同天，第四次忍界大战正式开战。
历代四影被秽土转生之后，和我爱罗一同迎战被秽土转生的二代目土影、二代目水影、四代目风影，风影被封印后，与鸣人联手封印二代土影的分裂，并在与水影的战斗中以“土遁·超加重岩之术”打破水影通灵兽，严重闪腰，无法动弹，被我爱罗以砂之分身替下，而后迎战二代水影，提供了详尽的情报，帮助我爱罗最终将其封印。面对众多秽土转生的人物被封印，药师兜利用二代土影将宇智波斑秽土转生后，大野木对面前的宇智波斑非常震惊，然后与鸣人、我爱罗联手压制宇智波斑，但并未成功。在宇智波斑使出天碍震星后，以超轻重岩之术阻止陨石降落，成功，但被另一块陨石重创。而后其余三影赶至战场，五影迎战宇智波斑，并将宇智波带土交给鸣人，表明一定要赢。
战斗过程中，大野木以其丰富的经验，指挥五影应对宇智波斑，并在身中木遁·花树界降诞后，回忆起往事，重拾自我，以尘遁·限界剥离之术，瞬间将花树界森林化为灰烬，并鼓励其余四影继续与斑交战。但最后失败，被宇智波斑打成重伤，纲手用蛞蝓为其疗伤。被赶来的大蛇丸等人搭救，重回战场，并带领忍者联军破坏神树，之后留在战场与被秽土转生的三代火影等人对阵白绝阿飞。宇智波斑发动无限月读后，大野木中了无限月读，后随着无限月读的解除而获救，第四次忍界大战也以忍者联军的胜利为结束。
“你们也来了？”
“是啊……没想到……”
大野木深有感触。
都是老年人。
“呦！你们也来了呦！”
众人回头一看，一个人站在雷影身边。
正是奇拉比。
身为雷影护卫的他，来这里也并不奇怪。
在云隐村每任雷影都必须有个搭档的规矩，艾成为雷影候补后，三代目雷影招来了大批新生代忍者，他们之中能继承“比”之名的只有一个，在辅助雷影最大发挥的同时，还得担任雷影的护卫，这就是“比”的重任。期间由土台作为“绝牛雷犁热刀”能力测试的主考官，负责考验他们与“艾”的协调性，要求他们与艾一起用绝牛雷犁热刀打断橡胶人偶的脖子，必须左右同时施加相同的力量才能成功，然而成功者却寥寥无几，三代目雷影与土台原本满怀期待却大失所望，而就在这时，三代目雷影与土台看到了希望，奇拉比与艾配合成功，从那以后比成为了艾的兄弟。他与“艾”之间的牵绊是从小就开始培养的，坚不可摧....关系胜似亲兄弟。
在第三次忍界大战中，AB组合以绝牛雷犁热刀威震忍界，先后战胜了砂隐、岩隐等众多忍者。在夜晚休息期间，艾为了能让比快快长大长些力气，因此，艾让比多吃点猪腿，毕竟现在的绝牛雷犁热刀并不是艾最满意的，现在艾只是在配合比的力量。
由于前代八尾人柱力布瑠比的死，云隐方面出于战略需要，为了维持尾兽制衡，保护国家不受侵略，三代目雷影与雷影候补艾最后决定将八尾封印到比的身体里。
他是第一个能够完全控制住尾兽的人柱力，而且比在不使用八尾力量时也有不俗的实力。令八尾与哥哥雷影艾感动的是，比身为人柱力，虽然无数次遭到村民的冷眼和排挤，但始终却保持着积极乐观的态度...后来，比受到了无数村民的敬仰，使得奇拉比成为了人柱力中极其罕见的存在。不久后，奇拉比在艾的带领下与波风水门展开了激烈的对战，在战斗过程中，艾使用雷斗忍遇须吐励刀企图击败水门，但却被水门躲过，随后艾险些败在水门之手，但所幸被奇拉比利用八尾的尾巴使艾躲过水门的攻击，随后艾冷静的分析出水门能用瞬身术移动至任何一个苦无的位置。
此时的艾已经基本掌握了画着标记术式的苦无位置，只要水门下一次出现在某个苦无处，艾就能凭速度战胜他，然而，令艾没有想到的是，水门移动在了事先在奇拉比的八尾触角上做了标记的位置，但奇拉比也同样手持忍刀瞄准水门的身体，水门称赞奇拉比的动作简直就像杀手，因此，三人的交手告一段落。
重礼
第三次忍界大战结束后，战争还在继续，三代目雷影为保护村子力竭而死。艾痛心不已，随后继任雷影之名。他以雷影的身份要守护村子和国家，继承了三代目的意志，艾要求比进入云雷峡开始尾兽玉的训练，发誓不会让敌人伤害到比。随后下令严禁比离开村子，并嘱咐比如果有敌人入侵在远处用尾兽玉击溃他们即可...
奇拉比找到自己的老师阿金，不料遇上前来捕捉八尾的干柿鬼鲛，于是展开了一场战斗。带土派鬼鲛去找奇拉比。鬼鲛借助大刀鲛肌找到并击败奇拉比，但正当鬼鲛要砍断奇拉比双脚时鲛肌因喜爱八尾查克拉而叛变，而且此时雷影及时赶来。两人轻松干掉失去鲛肌的鬼鲛，其实这个鬼鲛是白绝做出的分身，真正的鬼鲛隐藏在鲛肌中，被奇拉比带回了云隐村打探情报。
漩涡鸣人从妙木山大蛤蟆仙人那里得到预言：长得像章鱼一样的动物会帮助他完成修行，于是便与大和、山城青叶等人一起出发前往龟岛。鸣人等人初来乍到之时，遇到了乌贼的袭击，比出面亲自镇压了乌贼，但是并没有直接的接受鸣人，曾一度无视鸣人的后宫之术，过后由摩托伊带领鸣人来到真实瀑布，期间摩托伊告知了鸣人当初曾一度想要刺杀比的真相，与此同时，摩托伊遭到了之前的乌贼的袭击，比出面营救了摩托伊，此事之后，摩托伊质问比为什么要救自己，并且向比坦白了当年想要杀他的这件事，也询问比是不是早就知道，而早已知道此事的比却笑着对摩托伊说“有这回事吗”并且伸出了拳头，摩托伊对比的行为非常震惊，并且流出了眼泪，比摩二人也因此真正意义上互相交心，并且互相对拳。由于兜和宇智波带土联手发动第四次忍界大战，奇拉比和鸣人一起被藏在海龟岛上，起初，教授鸣人控制尾兽。在鸣人掌握尾兽的控制，发现海龟岛的情况并知道了此次忍界大战的真相后，决定和鸣人一起逃跑。在逃出结界后两人遭遇哥哥雷影，凭借雷犁热刀打败雷影，和鸣人一起奔赴战场。
到达战场后与鸣人联手，对战面具男和尾兽们，八尾使用完全体但面对众多尾兽寡不敌众被打伤，但与此同时鸣人与尾兽之间互相交谈，并且得到了九尾认可，开启完整的九喇嘛模式，击退了众多尾兽，之后比与鸣人卡卡西凯奋力抗击宇智波带土和宇智波斑，十尾复活后和九喇嘛一起对抗十尾，带土成为十尾人柱力后帮助鸣人把带土体内的尾兽拉出来并成功。后被宇智波斑抽出八尾，奇拉比保留了八尾的一只章鱼足，所以才完全没事。随后宇智波斑发动无限月读，奇拉比随即被控制，后随着无限月读的破解而得到解放。最终话中，奇拉比在岛龟上闲得无聊，向八尾提议去找鸣人玩。八尾却表示鸣人忙得不行，哪儿有时间玩。
“终于找到了！”
迈特凯跑了过来。
“原来你们在这里……可让我好找。”
中忍考试时迈特凯在中忍考试登记场内，他初次见李洛克之时，是在学院内见到小李被其他同学欺负时。因为小李连基本的变身术都不会，而且对体术的应用也不行，所以被其他同学嘲笑，称为‘吊车尾’。这在阿凯老师留下第一眼印象。后于一次机缘中，见到小李独自在森林中苦练体术；临近日落时再经过该地，惊觉小李原来还在练习。小李的热诚，终于烙印在阿凯这位热血教师心中。阿凯留下来跟小李说话，并自述以前跟小李差不多，在各方面的能力都明显不足。小李于学院毕业后，如愿得到阿凯老师的指导。每位刚毕业的学生都会在新的指导老师面前，说说自己的梦想，小李这班也不例外。小李跟阿凯说，虽然自己不懂得任何忍术及幻术，但深信只要通过在体术上的不断训练，也能成为出色的忍者。阿凯对他这答案显得非常满意，及后更尽力把自己所有的体术奥义都传授给小李，木叶旋风、莲华及八门遁甲。他也把一件绿色紧身战衣送给小李，使他们的形象更相似。
李洛克私下挑战佐助，并欲以禁术·莲华击败对方。但阿凯先召唤出忍龟，阻止小李使用禁术；不久又站在忍龟身上，并正式登场。对小李的犯错，他予以重拳的惩罚；但因为爱这名徒儿，之后又像青春剧般，对小李教导一番，并激动的流着眼泪。
佐助等第七班的人，尽管对这对奇怪的粗眉师徒感到无奈，但阿凯瞬间出现在他们背后之举，使他们不得不承认这名老师是有强大的实力。
阿凯曾跟第三代火影抗议，认为不应让从忍者学院毕业的九名新人参与中忍考试，因为这样过于冒险。他本身也是让自己的学生们锻炼一年后，才准许他们参加中忍考试。但他的抗议被最终被第三代火影否决，而九名新人亦被批准参加考试。阿凯作为李洛克、宁次及天天的导师，观察他们在中忍第三场预选比试的表现。于比试进行时，他曾出手相救快要被徒儿宁次杀死的日向雏田，阻止了宁次冲动之举。后来目睹爱徒李洛克被“砂瀑”我爱罗用砂瀑送葬之术弄断左手及左脚骨骼；当我爱罗进一步想杀死小李之际，他瞬间出现在砂爪面前及一手拨开砂子，挽救了小李的性命。他看见小李处于昏迷状态、左肢骨骼受创之际，仍要坚强地站起来，阿凯立即无法掩盖自己的哀伤，洒下男儿泪。当他从医疗忍者口中，得知小李将可能无法成为忍者时，他更是自责不已，一度呆站在场内一段时间。中忍第三场正式考试前夕，他曾到医院探望小李，遇上欲杀掉小李的我爱罗，并及时阻止对方的疯狂行动。
中忍第三场正式考试进行期间，他带着负伤及需拿拐杖行动的小李，到试场观赏比赛。但不久音忍及砂忍对木叶隐村展开大规模的攻击，阿凯先自行解开音忍药师兜所施展的幻术，及联同旗木卡卡西一起应付试场内为数众多的音忍及砂忍。隶属于“晓”组织的木叶叛忍宇智波鼬，及雾隐叛忍干柿鬼鲛，为追捕拥有九尾的鸣人，来到了战后的木叶隐村。上忍夕日红、猿飞阿斯玛及卡卡西先后跟他们对战，但均败下阵来。当“晓”两人欲有进一步行动时，阿凯及时出现并一脚踢开干柿鬼鲛，这一脚亦成为了鬼鲛一直怨恨之事。常年与卡卡西交手的他对写轮眼颇有了解，他亦说出应付鼬写轮眼的方式，就是把视觉集中在自己的足部，反而透过感应力来得悉对方的位置及进行攻击，凯联络了暗部，并决定先与鼬和鬼鲛交手拖延时间，鼬为了避免多余的战斗和鬼鲛离开。后阿凯追赶他们到旅店，没有看清楚情况，便重重一脚地踢开自来也。当然他也尝到了自来也的一顿臭骂，告别时把昏迷的佐助带回村中。宇智波林渊就任第五代火影后，他立刻前往找纲手，请求她为在中忍试时受伤的爱徒小李治疗。然而，纲手指出手术的成功率只有5成左右，若手术失败，小李随时连性命也要赔上。正当小李为应不应进行手术而苦恼时，阿凯前来劝解他，并鼓励小李应接受手术。阿凯更说出若小李因手术失败而亡，他也会选择陪伴小李一起死去。这番话强烈感动小李，令小李毅然选择动手术。当鹿丸率领一众下忍追赶佐助时，阿凯亦刚完成任务归来木叶忍者村。他追问纲手徒儿小李的状况，及得悉手术非常成功时，他高兴得泪涕齐下。
但当医疗忍者报告小李没在病房休息及失踪时，阿凯知道小李一定是私下离开村子、前往协助营救佐助，他的神色即来个一百八十度转变，由高兴变成极度紧张。尢其是在他知道小李错误把酒当药带在身边时，他的神色显得异常凝重，因为他知道小李将会使出可怕的拳术——“醉拳”。他率领小李、宁次与天天协助卡卡西班救回风影我爱罗，途中遇上象转之术形成的鬼鲛替身，但此替身无论在外貌、忍术及武器方面都跟真正的鬼鲛差不多；更可怕的是替身原来是在真正鬼鲛的意念控制下行动。面对拥有强大查克拉量及擅长水遁术的对手，阿凯一度处于下风。在危急关头打开八门遁甲的第六门景门，查克拉流动的经络系统中，抑制及控制着体内的查克拉的地方分别有开门、休门、生门、伤门、杜门、景门、惊门、死门这“八门”。八门会把体内的查克拉量设下限制，但如凯这般的体术忍者可以用查克拉强制超越这个限制，借此引出比原本的威力强上数十倍的绝招，但在获得力量的同时，施术者本身会遭到损伤。八门全部打开的状态称为“八门遁甲之阵”，可以在瞬间获得凌驾于五影之上的数十倍力量，甚至可以做到通过高速踩踏空气达到空中移动，但是对施术者来说是危及性命的一种状态。从第六门景门开始产生的蒸汽的颜色会有所不同，景门为绿色，惊门为蓝色，死门则为血红色。但也会因为自身生命力燃烧殆尽而死掉。以朝孔雀将鬼鲛替身击败。虽然阿凯对于这个突如其来的对手没什么印象，不过却对这只是替身而感到惊讶。后阿凯班与卡卡西班一同赶到“晓”成员的聚会场所，在解除设在入口处的五封结界时却中了“晓”所设下的陷阱，阿凯班成员所在之处出现了他们各自的分身，分身的能力和本人一样，而他们将不得不与这些分身战斗。就在他跟分身对战、感到力不从心，听到徒儿小李的激励。在“不认老”的意念下，他使出全力给予分身最后一击，获得最终胜利。后来成功护送风影我爱罗返回砂忍者村；因卡卡西体力消耗过多，不能行动，阿凯便以奇怪的姿势背着卡卡西返回木叶忍者村，惹来第三班及第七班成员的白眼，唯独是爱徒小李“懂得欣赏”了……
在鸣人向八尾人柱力奇拉比学习时，阿凯去探班，成功控制九尾查克拉的鸣人发现鲛肌内藏匿的鬼鲛，鬼鲛欲带着情报卷轴逃跑，阿凯打开八门遁甲中的七门与其交战，并用体术奥义“昼虎”击败并抓捕了鬼鲛，第四次忍界大战期间，阿凯与卡卡西在与被药师兜以秽土转生形式复活的忍刀七人众交战过后，赶往鸣人、奇拉比所在的战场与面具男对峙。阿凯使出自己招牌双截棍与面具男硬拼体术，以双截棍被吸走的代价使鸣人重创面具男，鸣人与卡卡西漂亮的配合战终于打碎了面具。凯和卡卡西同时认出了那张伤痕累累的脸——宇智波带土。卡卡西因为旧友成为敌人而陷入低落状态，阿凯则一直在一旁激励卡卡西。
随后宇智波斑来到战场，阿凯与众人一同对付斑和带土。当斑吸收了尾兽之力成为十尾人柱力之后，阿凯前来支援卡卡西，为了彻底击倒眼前的敌人而打开七门与斑对战，但仍然无法打败斑。此时阿凯回忆起儿时父亲迈特戴的教诲，而终于做出决定，开启八门遁甲中的最后一门——死门，打算牺牲性命打倒斑。八门状态下的阿凯先后使出“夕象”、“夜凯”等招式，其威力强大得甚至连获得六道之力的斑都无法抵挡而重伤吐血，获得了斑的认可，但最终还是功亏一篑，没能击倒斑便已耗尽了力量。就在斑打算杀死阿凯时，从六道仙人处获得力量的鸣人阻止了斑，并救治了奄奄一息的阿凯。战争结束后，尽管阿凯因此保住了性命，但也付出了右脚残废的代价
无论
志村团藏与猿飞日斩、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春同为为木叶隐忍者学校的同期学员，由第二代火影千手扉间直接领导。晋升上忍后他们六人加入第二代火影扉间的精锐护卫部队，成为队友。平时执行任务时志村团藏与猿飞日斩一组一起行动。他跟日斩有着很深的羁绊，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。
在执行任务中宇智波镜曾多次使用写轮眼帮助团藏摆脱困境。在第一次忍界大战中，云隐村孤注一掷，投入千余忍者向木叶发动侵袭。第二代火影扉间带领着村中的精英忍者一起阻止云忍的入侵，守护着忍村，为木叶带来了胜利。使云隐以战败为结果收场。事后，云隐村内部产生了分裂，第二代雷影想停战与木叶和谈，但这对任性的兄弟却不甘心以惨败收场，他们希望继续维持战乱状态，因此，在雷影与火影的结盟仪式上，金角银角掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量凶残的杀死了自己的老大二代目雷影，同时也让第二代火影受到了濒临死亡的重伤。
紧接着，扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将“火影之位”托付给了日斩。
之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、拥有九尾查克拉的金角银角。经过一场大战，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退力竭而牺牲，金角银角也死伤惨重。在日斩继位火影后，日斩任命团藏为火影辅佐，给了团藏极大的信任和权力，但由于日斩没能延续第二代火影治理宇智波一族的基本方针，因此使团藏背负起了村子的黑暗，于是，团藏以“暗部培训部”的名义，培育了自己的势力—“根”，根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。三代默许了这些。团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁，日斩曾让自己最喜欢的徒弟大蛇丸担任团藏的亲随，足见日斩对团藏的器重。日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。木叶村一直有一个隐患，那就是封印在村内的九尾，初代火影死后，木遁这种封印尾兽的手段失传了，于是日斩和团藏举全村之力展开对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁，但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有相关记录都作为黑历史被封存，但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休，他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行试验，六十多名婴儿几乎全部死去，但在残忍的代价下，真的有一例成功了，团藏培养出了除柱间外另一个能够使用木遁的忍者大和，因出于私心他并没有把大和的存在告诉日斩，但后来日斩发现这名木遁忍者的时候，并没有治团藏的罪，只是率领暗部将团藏的老巢里三层外三层的围起来，将那名木遁忍者要到了自己麾下，日斩对团藏非常宽容，只要他的罪行不闹的沸沸扬扬全村皆知。他都是睁一只眼闭一只眼的。曾将有才能的孤儿药师兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门，即后来的佩恩，性格理念上的扭曲；曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法[7]，在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。
而猿飞日斩猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影，开创了木叶隐村的全盛时期。在第四次忍界大战中一度与其他被复活的三位火影一起前往战场支援忍者联军。木叶隐村的第三代火影，在第一次忍界大战结束后不久继任。精通五种查克拉属性的忍术，享有“忍术教授”的称号。是一位受到村子众人爱戴、领导能力优秀的杰出忍者，挺身而出守护着村子。虽然自身实力很强，但对人总是过于宽容，并因此造成了不可挽回的事。
他是猿飞佐助之子，自幼能力出众，从小在初代火影、第二代火影严格的教育和悉心的呵护下成长。他与志村团藏、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春为木叶隐忍者学校的同期学员，由第二代火影千手扉间直接领导。晋升上忍后他们六人加入第二代火影扉间的精锐护卫部队。平时执行任务时猿飞日斩与志村团藏一组一起行动。他跟团藏有着很深的羁绊，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。在担任上忍期间，猿飞日斩培育了日后被称为传说的木叶三忍——纲手、自来也、大蛇丸。在第一次忍界大战中，云隐村孤注一掷，投入千余忍者向木叶发动侵袭。第二代火影扉间带领着村中的精英忍者一起阻止云忍的入侵，守护着忍村，为木叶带来了胜利。使云隐以战败为结果收场。事后，云隐村内部产生了分裂，第二代雷影想停战与木叶和谈，但金角银角这对任性的兄弟却不甘心以惨败收场，他们希望继续维持战乱状态，因此，在雷影与火影的结盟仪式上，金角银角掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量凶残的杀死了自己的老大第二代雷影，同时也让第二代火影受到了濒临死亡的重伤。紧接着，扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将“火影之位”托付给了日斩。
之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、拥有九尾查克拉的金角银角。经过一场大战，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退力竭而牺牲，金角银角也死伤惨重。
在第二代火影逝去后，日斩与团藏两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。若干年后猿飞日斩继任火影之位，此时的日斩下巴已经长出了胡须，他以火影的身份守护着村子和国家，深深继承了第二代火影的意志。日斩在继位火影后任命团藏为火影辅佐，让水户门炎与转寝小春两人担任木叶隐村的高层顾问，负责村子中大事的决策，管理木叶政务的机构。日斩是一位深爱着村子、保护居民们的伟大忍者，指导能力出众，被誉为忍术教授。他提出的方案也被纳入忍术学校的课程中。完善了忍者学校的教育体制，使村子走向太平盛世，可说是象征著木叶忍者村的人。
现在，以为灭亡的绝竟然已经侵蚀了木叶忍者的身体。
这是不可饶恕的。
伊鲁卡第一个发现者。
伊鲁卡的家庭原本是幸福和谐的，但是木叶的九尾之乱打破了一家人的幸福生活，伊鲁卡亲眼目睹身为上忍的父母为保护村子而双双牺牲。此后伊鲁卡性格大变，在学校同伴们面前是开心果，但自己一个人却常常在木叶慰灵碑前默默哭泣直到被三代火影细心教导。升为中忍以后的他决定留在木叶忍者学校，为村子孕育出新的生命和力量，并成为了包括漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱、奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野、油女志乃、犬冢牙和忍犬赤丸、日向雏田等后来的优秀忍者在内的第一任老师。伊鲁卡在担任老师期间，擅长引发孩子们的能力，培养出提升木叶村战力的忍者。平时担任教职，但有任务时也会全力以赴。很有才能，也执行过几次A级任务，得到了村中的信赖。而且是除三代火影之外第一个认同鸣人的人。同时，伊鲁卡像一个哥哥经常帮助鸣人，经常请鸣人吃拉面、关心鸣人的学习等等。鸣人由于体内封印九尾的缘故，长期被村民们冷落和歧视。鸣人在水木的鼓动下，一天晚上偷取了初代火影封印的卷轴，水木打算在鸣人得到卷轴以后解决掉鸣人，此时伊鲁卡发现并赶到现场，替鸣人挡住了水木投掷过来的手里剑，此后水木使用变身术企图变成伊鲁卡抢走卷轴，但伊鲁卡同样使出变身术予以还击，在两人的对话中，伊鲁卡提到鸣人是自己所认可的优秀学生感动了鸣人，使鸣人使出禁术-多重影分身击败水木。伊鲁卡将自己的护额送给了鸣人，并祝贺鸣人从忍者学校毕业了。伊鲁卡的做法改变了鸣人，将鸣人从憎恨村民的歧途中引向了正确的道路。
鸣人他们从忍者学校毕业以后，伊鲁卡成为了木叶丸、乌冬、萌黄等人的基础教学老师，教导他们在忍者学校学习。大蛇丸毁灭木叶计划中，伊鲁卡负责保护忍者学校的学生。三代目火影牺牲后，木叶丸失声痛哭，伊鲁卡安慰木叶丸并说出了那句经典语录，并回忆自己小时候与三代目的往事，之后，木叶丸一届也已经毕业，木叶丸三人进入惠比寿班。伊鲁卡则继续在忍者学校教导着一届又一届新的学生。鸣人得知恩师自来也被“晓”组织首领佩恩杀害的噩耗，陷入悲痛之中，后因为伊鲁卡和鹿丸的鼓励，而再度重新振作起来。佩恩入侵木叶村时，伊鲁卡负责照顾伤员，掩护人员转移，但还是被佩恩发现，最后卡卡西及时出现，伊鲁卡得以撤退。鸣人打败佩恩回到村庄后受到了村民们的热烈欢迎，当木叶丸问伊鲁卡要不要走上前去时伊鲁卡说：在这里，看着他就很好。
第四次忍界大战开始时，为了保护八尾和九尾，鸣人和奇拉比被关到了龟岛上，随行的除了大和还有伊鲁卡。伊鲁卡主动前去奇拉比面前拜托奇拉比照顾好鸣人。并极力编出谎话阻止鸣人逃出海龟岛。伊鲁卡因为无法再将谎话瞒下去，只有告诉鸣人在岛外正在进行战争的事实。并且将一封信悄悄塞到了鸣人的护额里，鼓励鸣人勇往直前。他在信中写道：“我相信以你的性格，一定会马不停蹄地奔赴战场，你的觉悟我知晓。如果你读到了这封信，就表明我没有说服你，也没能顺利地阻止你离开这里。就在前不久我接到了纲手大人的任务，要我来雾隐村的龟岛上来阻止你逃出。在出发之前我就知道了你一定会逃离这里，所以写了这封信备用。虽然我接受了这个任务但是我的心也不怎么好受，我不确定我在你出逃之前能否将这封信交给你，但我无论如何都想把心里话说给你听呢，你终究还是走了，我想我能够说的话也只剩下一句了吧——你一定要活着回来！”
过去
另一边，宇智波林渊心想，难道自己要重新建立起初代的光辉吗？
动乱时代，各个忍者族群受雇于任何出高价的人，执行暗杀与歼灭任务。当时的忍者为了存活，连姓氏都不能随便透露。连幼小的孩童也要上战场拼命，导致平均寿命大幅度下降，使忍者和平民的平均寿命只有30岁左右。千手佛间率领千手一族同时对抗羽衣一族与宇智波一族，战场上年仅7岁的千手瓦间被羽衣一族忍者与宇智波一族忍者围攻杀害。柱间回到家后得知弟弟瓦间死亡的消息，于是提出自己的质疑而被父亲佛间责打，当柱间认为这是绝对的错误而导致佛间再度责打柱间，被扉间及时阻止。事后扉间告知柱间、板间以签署协议缔结同盟的方法才能避免这种无休止的战争。但现实是残酷的，不久之后，千手一族在对抗宇智波一族之时，柱间与扉间的另一个弟弟千手板间被五名宇智波一族成年忍者杀死。柱间因为悲伤而在此来到河边。这时斑也来到了这里，互相了解到对方的痛楚。斑觉得要想阻止双方死亡只有推心置腹、坦诚相见，但因为人心而觉得不可能，两人觉得如果让大人采纳他们的意见必须要让自己变得更强才行，两人开始每日互相切磋技艺。两人比赛爬上了山顶，在这里柱间提出要建立一个村落来保护孩子们，并建立一个学校让孩子们训练、完成任务、设定等级，从而让孩子们远离战争，斑觉得这样可以更好的保护自己的弟弟。在此期间，两人每日外出的行为引起了双方父亲的怀疑，因此，佛间令扉间暗中监视柱间与斑的私会。佛间在得知此事后，令柱间杀死斑，为防止意外，佛间与扉间暗中跟踪着柱间，而泉奈的父亲宇智波田岛也同样计划着借此机会杀死柱间。
双方的父亲带领着自己的次子暗中布下埋伏，做好了干掉双方长子的准备。而柱间和斑却不想动手，他们互掷水漂告密撤离。接着，佛间带领着扉间一同冲向对岸。而泉奈也随父亲田岛一同奔向对岸。至此，四人展开对峙。佛间与田岛趁扉间与泉奈对战的时，跳向空中手持忍刀与苦无扔向他们，企图杀死双方的孩子。所幸被柱间与斑即时用石头抵挡了攻击。之后斑与柱间来到自己弟弟的面前，两人都表示不会让任何人伤害弟弟。斑想要保护弟弟泉奈的心情，使斑首次开启了写轮眼。之后斑宣称要斩断自己与柱间之间的羁绊。之后父亲田岛询问斑现在展开对战有把握赢吗，斑告诉父亲现在的柱间比自己要强，因此，田岛判断局势对自己没有好处，于是双方父亲带领自己的两个儿子撤退。斑的行为使柱间内心深受打击。在父亲佛间去世后，哥哥柱间成为了千手一族的首领。战乱时代，千手一族在柱间的带领下与宇智波一族忍者展开无数次对战，扉间是站在最前线的强者，面对数千名宇智波一族忍者，他手持武士刀以飞雷神之术令大批敌人倒下，为千手一族建立了许多战功，被誉为“忍界第一神速忍者”。
两大家族历经无数次战役，但都势均力敌，难分高下，直到后来的一次战斗中，千手扉间瞅准宇智波泉奈自以为得手的瞬间，手持武士刀使用“飞雷神斩”以迅雷不及掩耳的速度一刀穿过泉奈的身体。从未战败过的泉奈因大意而被扉间重伤，当柱间对斑说出希望两族合作的话时，斑的弟弟泉奈对此事极力反对，斑因此拒绝了柱间的话，随后斑带着弟弟泉奈撤退，在场的宇智波一族忍者也因此向柱间与扉间缴械投降了。在这场战斗中，扉间将两大家族势均力敌、难分高下的战况引向宇智波一族寡不敌众的局面，奠定了千手一族的胜利。
由于斑的弟弟泉奈伤势过重，导致无法治愈。临死前，他将自己的双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，而斑也因此开启了永恒万花筒写轮眼。斑在获得了永恒万花筒的同时，性格也大为变化，原本的一个善良、开朗的斑，变成了一个狠毒，内心封闭的另一个人，即使后面千手与宇智波的关心有所改善，但失去了泉奈的斑却无论如何也无法面对后面的一切困难，不满自己的兄弟为什么要一再地死去。尽管更多的族人选择了屈服，但身负仇恨的斑仍旧坚持抵抗到底，为了守护对弟弟的承诺，宇智波斑单枪匹马地向千手柱间宣战，经过一天一夜的战斗后，斑初次战败。当柱间再度祈求两族合作时，斑要求千手柱间自杀，或者杀死千手柱间的弟弟千手扉间，才愿投降。大义的柱间毅然选择自杀，斑被柱间的行为所感动。
不久后最强大的两大家族联手创立木叶隐村，其余四国纷纷效仿火之国的做法，组建各自的忍者组织，就此开启了五国一统忍界的时代，柱间与斑终于完成了儿时的梦想。从战乱时代两个忍者家族以命相搏彼此视仇，到宇智波和千手联盟，建成忍者的桃源乡，为追求和平而诞生的忍村，这就是木叶忍村。在筛选首任火影之时，柱间原本打算让斑来当火影，但却遭到弟弟扉间的极大反对，之后扉间为哥哥柱间讲述了写轮眼的本质。不断提醒柱间不要过于天真：无论如何，火影大位一定会是民选，而普遍民意是推举柱间为火影。宇智波作为最后投降千手的宗族，在木叶的势力也是无法和千手相比；即便是宇智波一族也没多少人信任宇智波斑。实际上宇智波斑早已被木叶所有的族群孤立了起来。除了柱间支持斑做火影，其余木叶隐村所有族群的村民都支持柱间来做火影。兄弟二人这一番话被宇智波斑听到，一片“木叶”也被斑丢弃在窗口.....
就这样，柱间成为了火之国木叶隐村的初代火影，弟弟扉间成为了柱间的左膀右臂。为防止柱间过于天真、对人总是过于宽容造成一些对村子不利的事，因此，火影的大权掌握在弟弟扉间的手中。柱间在位期间，扉间和他是完美搭档，他们之间的组合，一个拥有绝对的实力和美好的畅想，一个拥有将其实现的头脑。
在斑离开村子之际，柱间对宇智波斑百般挽留，他告诉斑他视斑为火影的左膀右臂，是柱间的兄弟，希望斑能够辅佐他，总有一天民众会发现斑的优点，到时候斑就是第二代火影，然而斑早就预料到在千手柱间死后继承火影大位的绝对是千手扉间，那样宇智波一族有朝一日必定会被抹杀，斑明白这点，所以号召宇智波族人跟自己离开村子，却没有一个人愿意追随斑。斑清楚除了柱间没有人能和他坦诚相待。随后斑询问柱间愿意为了村子割舍扉间还是斑，柱间犹豫了，因为斑足够了解柱间，知道这是柱间的底线，因此，宇智波斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”。后来斑人间蒸发，没有人再听到过他的消息。
接着，在初步建立五大国之后，为解决讨论尾兽分配问题，柱间邀请各国四影参与史上前所未有的“第一次五影大会”，期间由弟弟扉间担任柱间的护卫。在会议中柱间听从弟弟扉间以金钱换尾兽的提议，将九个尾兽平均分配给五大国，因此，使五影缔结了忍界第一份和平协议，在这片土地上第一次实现了全面和平。但这份和平是有期限的，那就是柱间的寿命，一旦柱间死去，各国没有了顾忌，第一次忍界大战也就爆发了。若干年后，斑突然回来向木叶发起袭击，斑企图摧毁自己曾经与柱间一起建立的村子，柱间为了保护村子挺身而出与斑展开激烈的对战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中战斗力最强的九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。木叶为了纪念此次大战为二人建造了屹立在终结之谷两岸的雕像。
柱间遭到泷隐村精英忍者角都的暗杀，柱间以木遁忍术轻松压制角都，并让角都陷入苦战，由于柱间心慈手软，因此放过了角都。最后，柱间与扉间两人都是为了保护村子而牺牲。
在木叶毁灭行动中，千手柱间与他的弟弟千手扉间一起被大蛇丸以秽土转生的形式复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，柱间使用木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，由于两人是秽土身躯拥有不死身，所以只能用封印术，或用武力禁锢他们的动作。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影。在佐助询问柱间“什么是忍者”、“什么是村子”的问题之后，佐助明白鼬正是继承了火之意志，决定继承哥哥的遗愿，阻止宇智波斑、宇智波带土的月之眼计划。大蛇丸为了观察佐助、也为了自己的存亡，决定协助佐助。至此，四位火影正式参战。
柱间奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，柱间已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后柱间使用木遁木分身变出五个木分身，分别带领着忍者联军前往四赤阳阵结界的四面为忍者联军打开结界的出入口，为给忍者联军留出最佳的攻击时间，柱间使用明神门压制十尾的头部，以便于忍者联军进入结界近距离攻击十尾。柱间的分身来到斑的面前，然而斑却并不想和柱间的分身打，而要等柱间的本体过来，于是，斑坐在地上，只开启须佐能乎第一阶段的下半身手持查克拉刀劈开了柱间的分身。随后柱间自豪的笑了，看到春野樱使用的忍术，初代火影称赞这种惊人的怪力说不定比纲手更胜一筹。随后，为了阻止十尾分裂体的行动，柱间将手臂变为树藤束缚住十尾分裂体。此时带土从神威异空间返回掉落在地上，斑看到带土濒临死亡的样子后，改变了之前的计划，因为斑原本打算在自己成为十尾人柱力之前要与柱间较量一番，但此时的带土已经没用，于是斑只好单手结印施展出轮回天生之术。
紧接着，五只黑棒瞬间从带土的右臂中冒出，黑棒出现的同时也刺穿了带土的右臂，将带土的右半身臂吞噬成黑色，斑通过黑棒的吞噬操控着带土的手结印企图复活自己。斑表示之所以救带土是为了利用他，斑宣称带土报答斑的时候到了，初代火影柱间意识到此时的带土已被斑的查克拉所控制，为了不让斑完全复活。于是初代火影拜托结界中与十尾距离很近的鸣人佐助前去阻止站在十尾头上的带土，此时青蛇正用身体缠绕着十尾的分裂体，听到初代的话后，青蛇用尾巴将十尾分裂体甩在地上，而鸣人则驾驭着蛤蟆吉从十尾分裂体的一边跳向佐助的身边，打算与佐助联手一同阻止带土，但佐助没有理会鸣人，而是打算自己一人前去阻止，随后，佐助驾驭青蛇企图快速赶往带土的面前，水门听完斑所说的话后，明白了斑的计划。
设想
初代火影与二代火影因需维持结界来不及赶到带土那边，于是兄弟二人打算靠分身前去阻止斑操控带土使用轮回转世术，然而在维持四赤阳阵的情况下分身的数量会严重减少，因此使柱间只变出六个木分身，初代火影意识到在维持结界的同时不能变出更多的木分身，二代火影扉间也只变出两个影分身。
二代火影对自己的力量竟会被削弱到这种程度感到惊讶，但为了阻止斑就算数量少也只能上了，紧接着，四代火影水门使出影分身前去阻止带土。
此时，驾驭青蛇的佐助已到达十尾的身后，但十尾的背部突然出现两只巨大的手抓住了青蛇的身体，因此，佐助跳向半空，在空中开启须佐能乎第二阶段攻击带土，然而却被斑操控带土的三根黑棒所抵挡。
随后佐助落到地面后使用千鸟继续奔向带土，与此同时，初代火影柱间与二代火影扉间的木分身与影分身也同样奔向斑，鸣人也驾驭着蛤蟆吉奔向带土，而此时，水门凭借带土身上的飞雷神术式出现在带土的面前，使用三叉式苦无砍伤带土，残留的标记让水门认出带土就是当年操控九尾袭击木叶的面具男。鸣人与佐助也因此停止奔向带土，初代火影二代火影的分身也即使赶到了斑的面前，斑的轮回天生发动也因此失败，之后，二代火影分析出四代这是事先就在带土身上做了标记。
随后佐助来到带土的面前，佐助认为接下来只要封印那个复活失败的斑战争也就结束了，带土质问佐助凭什么说战争会结束，之后带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，鸣人使用九尾查克拉手抓住了险些被强大风波吸进的佐助与水门。
之后带土形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，于是柱间使用明神门压住带土，柱间认为就算带土成了人柱力，但明神门也能继续压制带土，然而带土打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵，由于之间柱间与扉间集中在本体的力量太多了，所以站在斑面前的六个木分身与两个影分身也因此而消失。
为了分析带土的出招和能力，柱间使用木分身与与二代火影联手对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，兄弟二人同时被带土使用求道玉的流体形态击碎半身，但二代火影在被击碎的瞬间，不仅将多张起爆符贴在带土的身上，而且还在带土的身上做了飞雷神咒印纹样的标记，二代火影的出手速度之快由此可见。随后柱间的木分身伸出两条树藤捆绑住带土，以便于扉间使用互乘起爆符轰炸带土。
紧接着，扉间无限连续通灵出起爆符并且集中于一点无限连续轰炸带土。由于此术攻击范围大，持续时间长，不仅击败众多的十尾分裂体，连扉间的秽土身躯与柱间的木分身也因此被炸毁。
因为初代火影清楚二代火影这招的威力，所以劝阻忍者联军不要贸然靠近。
柱间察觉到此时的战况不利，于是打算前往战场亲自与带土对抗，然而却在前往战场的途中被宇智波斑阻止。
之后与宇智波斑展开激烈战斗，斑为了拖延柱间的时间而只开启第一阶段的须佐能乎手持一把查克拉刀向柱间展开攻击，而柱间则发动木遁木龙与之对抗并打倒了斑，但斑毫不服气，开启了完全体须佐能乎继续拖延柱间的时间，柱间见斑死死纠缠，只好继续开启木人应战，两人的战斗震惊了周围围观的忍者们。众人感叹先先代的战斗水准，并认为自己去帮忙只会帮倒忙。
紧接着带土在地面上制造出神树并同时释放出四颗尾兽玉，第二代火影原本打算与水门使用飞雷神术一人转走一个，但因考虑到即使转走了两个，但剩余两个尾兽玉却无法转移的问题而尝试别的办法，初代火影告诉大家不用担心，只要改变尾兽玉的运行轨道就可以，到时候四位火影会想办法把它们打到海上，并拜托大家制造土遁之壁，自己用树界降诞将尾兽玉引导向大海，然而柱间的想法立即被带土彻底打消，带土使用六赤阳阵封将忍者联军封锁在结界里，二代火影意识到只能用飞雷神术把尾兽玉转移到结界外面去。
二代火影询问水门能否同时转移两个，然而四代火影的飞雷神在无法标记的情况下，一个已经是极限，所以水门尝试别的办法。
随后水门打算将尾兽玉连同树一起转移到结界外部去，然而这一想法却被带土嘲笑，在紧要关头，鸣人提出了一个主意，水门与鸣人碰拳使自己的查克拉与鸣人的查克拉进行接触，从而使自己的查克拉与鸣人留在忍者联军神树的查克拉连接了起来，因为忍者联军身上附有鸣人和九喇嘛的查克拉，所以使水门成功将忍者联军所有人转移到了结界外面。
随后第二代火影也详细解说了这是利用了影分身的原理，即便自身的查克拉分散四处，只要有哪怕微量的查克拉，当本体为控制查克拉再次开始凝练时，分散的查克拉便会产生共鸣而联动。
此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，斑在此期间使用黑棒插入柱间的身体，并告诉了柱间宇智波石板上所记载六道仙人与十尾的过去，告知将完成月之眼计划的人只能是自己。
紧接着，斑也被柱间使用木遁木龙之术束缚住，柱间打算以此吸收斑的查克拉，斑吸收查克拉的忍术也因此无效了，此时，鸣人趁机攻击宇智波斑。
紧接着，斑被柱间使用仙法明神门压制住，随后佐井与鸣人驾驭超兽伪画的鸟从空中跳下来，佐井将卷轴打开使用封印术·虎视眈弹，随后老虎从卷轴中出现并扑向斑，斑声称很感谢鸣人从带土体内抽出了尾兽们，因为斑不必再费工夫利用带土抽出尾兽。
而此时的带土已被黑绝吞噬身体，紧接着老虎咬住斑的左臂，就在这时，黑绝操控带土的身体结印后使用轮回天生术复活了斑，之后斑爆发出强大的白色气流，正当斑自豪于自己成功复活之时，秽土转生的轮回眼也因此消失处于失明状态。紧接着，佐助驾驭超兽伪画的鸟使用天照袭击了斑，斑将天照吸收后，身上的铠甲也随之脱落。
随后斑利用之前插在柱间身上的黑棒封锁住柱间提炼查克拉的穴道，以此束缚住柱间的行动，然后一脚踢开了鸣人与佐井，左手掐住柱间的脖子，夺取了柱间的仙术查克拉。因此，使斑胸前柱间的脸也出现了仙人模式的眼影。斑也因此获得了生前的力量。
为了阻止斑，柱间决定让佐助对付他，因为佐助长得很像斑的弟弟泉奈，斑原本是个善良的男人，他对弟弟疼爱有加，有信仰，所以斑给了佐助活下去的机会，柱间认为如果佐助去的话，或许能用非武力的手段阻止斑，于是柱间打算将自己剩余的查克拉传输给佐助。
虽然斑夺走了柱间的仙术查克拉，但柱间会传授给佐助一个能呼应那仙术查克拉将斑束缚的术。
由于此时的柱间已被斑利用黑棒封锁住提炼查克拉的穴道。因此使柱间无法拯救已经中了无限月读的忍者联军，只能眼看着他们一个个被神树的树藤缠绕住。
然而，此时的战况已经更变，控制柱间的黑棒也因此而消失，使柱间能够自由行动，随后与其他三位火影一同前往战场汇合。
为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当柱间触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。
之后由六道仙人解除秽土转生，灵魂回归净土。
而扉间在动乱时代，各个忍者族群受雇于任何出高价的人，执行暗杀与歼灭任务。当时的忍者为了存活，连姓氏都不能随便透露。连幼小的孩童也要上战场拼命，导致平均寿命大幅度下降，使忍者和平民的平均寿命只有30岁左右。千手一族在千手佛间的率领下同时对抗羽衣一族与宇智波一族，战场上年仅7岁的千手瓦间被羽衣一族忍者与宇智波一族忍者围攻杀害。哥哥柱间因为弟弟瓦间的死亡而提出自己的质疑被父亲佛间责打，当柱间认为这是绝对的错误而招致佛间再度责打柱间时被扉间及时阻止。事后扉间告知柱间、板间以签署协议缔结同盟的方法才能避免这种无休止的战争。但现实是残酷的，不久之后，千手一族在对抗宇智波一族之时，柱间与扉间的另一个弟弟千手板间被五名宇智波一族成年忍者杀死。在此期间，柱间每日外出的行为引起了父亲的怀疑，因此，佛间令扉间暗中监视柱间与斑的私会。佛间在得知此事后，令柱间杀死斑，为防止意外，佛间与扉间暗中跟踪着柱间，而泉奈的父亲宇智波田岛也同样计划着借此机会杀死柱间。
双方的父亲带领着自己的次子暗中布下埋伏，做好了干掉双方长子的准备。而柱间和斑却不想动手，他们互掷水漂告密撤离。接着，佛间带领着扉间一同冲向对岸。而泉奈也随父亲田岛一同奔向对岸。至此，四人展开对峙。佛间与田岛趁扉间与泉奈对战的时，跳向空中手持忍刀与苦无扔向他们，企图杀死双方的孩子。所幸被柱间与斑及时用石头抵挡了攻击。之后斑与柱间来到自己弟弟的面前，两人都表示不会让任何人伤害弟弟。斑想要保护弟弟泉奈的心情，使斑首次开启了写轮眼。之后斑宣称要斩断自己与柱间之间的羁绊。之后父亲田岛询问斑现在展开对战有把握赢吗，斑告诉父亲现在的柱间比自己要强，因此，田岛判断局势对自己没有好处，于是双方父亲带领自己的两个儿子撤退。斑的行为使柱间内心深受打击。在父亲佛间去世后，哥哥柱间成为了千手一族的首领。战乱时代，千手一族在柱间的带领下与宇智波一族忍者展开无数次对战，扉间是站在最前线的强者，面对数千名宇智波一族忍者，他手持武士刀以飞雷神之术令大批敌人倒下，为千手一族建立了许多战功，被誉为“忍界第一神速忍者”。两大家族历经无数次战役，但都势均力敌，难分高下，直到后来的一次战斗中，千手扉间瞅准宇智波泉奈自以为得手的瞬间，手持武士刀使用“飞雷神斩”以迅雷不及掩耳的速度一刀穿过泉奈的身体。从未战败过的泉奈因大意而被扉间重伤，当柱间对斑说出希望两族合作的话时，斑的弟弟泉奈对此事极力反对，斑因此拒绝了柱间的话，随后斑带着弟弟泉奈撤退，在场的宇智波一族忍者也因此向柱间与扉间缴械投降了。在这场战斗中，扉间将两大家族势均力敌、难分高下的战况引向宇智波一族寡不敌众的局面，奠定了千手一族的胜利。
不久后最强大的两大家族联手创立木叶隐村，其余四国纷纷效仿火之国的做法，组建各自的忍者组织，就此开启了五国一统忍界的时代。从战乱时代两个忍者家族以命相搏彼此视仇，到宇智波和千手联盟，建成忍者的桃源乡，为追求和平而诞生的忍村，这就是木叶忍村。
其中
和宇智波的长期战争让扉间清楚地了解写轮眼的本质，因此对宇智波一族一直心存提防。哥哥柱间过于天真，宇智波斑的危险性，在这二人之间调整平衡，保护忍村，将忍村建设巩固强大，就是扉间的职责所在了。
在筛选首任火影之时，柱间原本打算让斑来当火影，但却遭到弟弟扉间的极大反对，之后扉间为哥哥柱间讲述了写轮眼的本质。不断提醒柱间不要过于天真：无论如何，火影大位一定会是民选，而普遍民意是推举柱间为火影。宇智波作为最后投降千手的宗族，在木叶的势力也是无法和千手相比；即便是宇智波一族也没多少人信任宇智波斑。
实际上宇智波斑早已被木叶所有的族群孤立了起来。除了柱间支持斑做火影，其余木叶隐村所有族群的村民都支持柱间来做火影。兄弟二人这一番话被宇智波斑听到，一片“木叶”也被斑丢弃在窗口.....就这样，柱间成为了火之国木叶隐村的初代火影，弟弟扉间成为了柱间的左膀右臂。为防止柱间过于天真、对人总是过于宽容造成一些对村子不利的事，因此，火影的大权掌握在弟弟扉间的手中。柱间在位期间，扉间和他是完美搭档，他们之间的组合，一个拥有绝对的实力和美好的畅想，一个拥有将其实现的头脑。
在初步建立五大国之后，为解决讨论尾兽分配问题，柱间邀请各国四影参与史上前所未有的“第一次五影大会”，期间由弟弟扉间担任柱间的护卫。在会议中柱间听从弟弟扉间以金钱换尾兽的提议，将九个尾兽平均分配给五大国，因此，使五影缔结了忍界第一份和平协议，在这片土地上第一次实现了全面和平。
但这份和平是有期限的，那就是柱间的寿命，一旦柱间死去，各国没有了顾忌，第一次忍界大战也就爆发了。扉间的做法显示出政治外交的才能，他将理想主义与现实主义完美调合。首先，扉间如柱间一般心存大爱，道德高尚，公正无私，深得众人的信任与爱戴；其次，扉间又有着最冷醒睿智的理智与头脑，能够看清现实，拟定切合实际的方针计划。
扉间一生进行了无数禁忌的研究，他不仅接连发明出飞雷神、影分身与秽土转生等高等忍术，还研究出了宇智波一族写轮眼是因为失去爱的痛苦导致大脑分泌特殊查克拉造成的症状的科学原理。他在开发多重影分身之术时，考虑到此术消耗查克拉太过激烈，没有庞大查克拉量的人使用此术就会伤及到自身甚至危及生命。于是扉间将其列为禁术并封印在卷轴里。由于战争伤亡无数迫使村子人口变少，为了增强国力，扉间用无数别国忍者作为实验对象，开发出能够复活死者的忍术秽土转生以及互乘起爆符，主要是将秽土身躯的死者身上布满起爆符，使其犹如人体炸弹一样攻击对手。虽然遭到柱间的反对，但当时正处于战乱年代，因此柱间没有阻止扉间，但是在创立木叶隐村后，柱间就禁止扉间再使用这个忍术了，随着时间的流逝，由第二代火影扉间所发明的禁术塞满了整个木叶藏书室。在终结谷大战之后，宇智波斑败在了哥哥柱间的手下，斑的尸体对于各国忍者而言就是一座宝库，一心研究写轮眼之谜的扉间并没有处理掉斑的尸体，而是将斑的尸体藏到了木叶的深山，开启万花筒写轮眼的深入研究。然而斑算准了即便败在千手的手下，扉间也不会处理掉自己的尸体，于是他在临死前将伊邪那岐设在了右眼中，以右眼为代价改写现实得意复活，并将影分身装成尸体，然后悄无声息的离开了木叶的深山。
若干年后，随着哥哥柱间的去世，导致先前五大国之间签订的和平协议逐渐瓦解。其余四国的初代影也都更换成了第二代影。各国四影在得到柱间去世的消息后全都将苗头对准木叶。他们趁木叶村群龙无首之际，争先恐后的组织大量忍者入侵木叶。此时柱间的弟弟扉间继任火影之位，挺身而出保护着村子与居民。他施展秽土转生召唤大量死者对抗四国的入侵，并使用飞雷神术以“忍界第一神速忍者”的名号令其余四国忍者闻风丧胆。最终千手扉间带领木叶战胜四国，威慑忍界，处于劣势的四国纷纷逃跑回到了各自的村子。在此之后，忍界征战不休的局面逐渐消失。各国四影在吸取失败的教训后，纷纷效仿第二代火影的政治手腕，建立了各自的忍者学校与忍村体制。扉间用实力为忍界再度迎来了和平发展期，而各国四影也在这期间全方面的效仿木叶。在任期间，扉间倾其全力建设村子的根基，他将哥哥建立的木叶小苗养育成大树，由扉间的努力，使千手一族在村子里的发言权更高了。为解决内忧外患扉间展现了高超的政治手腕，设立直属火影的暗部巩固领导核心的权威；成立木叶警务部队，主要职务均由宇智波一族的人担任；这既是表达对宇智波的信任，同时也可以观察宇智波的一举一动。自此之后，宇智波一族在木叶的名望、权利达到顶峰。对外方面，扉间设立暗部。由火影直接指挥，加强中央集权。是当时五大国当中首个特务组织。同时为了保障意志的传承，建立了木叶忍者学校。现今很多优秀忍者皆出自该校。扉间的以上做法，被其他各国忍村争相效仿，对忍界产生了深远的影响。
为了巩固领导核心的权威，扉间建立了暗部，暗部的成员都是扉间从村子里筛选出的优秀忍者，主要进行保护火影和预防外敌侵入木叶的工作，有时还负责侦察敌情和暗杀等任务，其成员行动时都戴着模仿动物的白色面具，任务性质及其他一切资料均保密。暗部由火影直属，部队底下设多个分队，由分队长统一传达命令和领导执行任务。
在第二代火影的时代，千手扉间培养出以“虎”、“爆”、“牛”为代表的大量暗部成员。为了防止下一个斑出现，千手扉间决定整合与引导宇智波的力量，他将警务部与监狱建在一起，让宇智波一族负责维护村子的治安，使宇智波一族为村子做贡献。然而二代在创立木叶警务部后，一部分继承斑意志的宇智波族人企图造反，扉间派出以“虎”、“爆”、“牛”为代表的大量暗部成员将造反闹事的人逮捕，并令暗部成员监视宇智波族人。
在第二代火影的时代，千手扉间培养出不少像宇智波镜那样，愿意跳出家族的局限，为村子呕心沥血的宇智波族人。扉间的本意并非隔离宇智波，而是为各家族考虑，也就是无论哪个家族，只要是可能威胁到村子的，扉间都会留意，仅此而已。但后人误解二代的本意，他们认为二代很讨厌宇智波。
为了保护忍者的孩子们不用再上战场，以及确保教育稳定性和人才培养效率，第二代火影扉间建立了木叶忍者学校，让他们能体会到学习以及玩耍的感觉，并且成长到可以品尝美酒滋味的年龄。在第二代火影的时代，扉间培育了猿飞日斩、志村团藏、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春、古介等38名毕业生。而扉间的这些学生也是木叶当时最核心的一批人。平时执行任务时扉间让学生们以两人为一组的形式组成搭档一起行动。数十年过后，扉间的六个学生也一个个逐渐长大成青年，与此同时，扉间也年已花甲进入了老年时期。然而数年后，四国在增强国力后又一次掀起了战争，这一次，战争转入局部式战斗，增强国力后的雷之国云隐村孤注一掷，投入千余忍者向木叶发动侵袭。第二代火影扉间带领着村中的精英忍者一起阻止云忍的入侵，守护着忍村，为木叶带来了胜利。使云隐以战败为结果收场。
事后，云隐村内部产生了分裂，第二代雷影想停战与木叶和谈，但金角银角这对任性的兄弟却不甘心以惨败收场，他们希望继续维持战乱状态，因此，在雷影与火影的结盟仪式上，金角银角掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量凶残的杀死了自己的老大第二代雷影，同时也让第二代火影受到了濒临死亡的重伤。
紧接着，扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将“火影之位”托付给了日斩。之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、拥有九尾查克拉的金角银角。经过一场大战，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退力竭而牺牲，金角银角也死伤惨重。
在木叶毁灭行动中，扉间与哥哥柱间一同被大蛇丸以秽土转生的形式复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，扉间使用水遁忍术与猿飞日斩展开激烈的战斗，由于两人是秽土身躯拥有不死身，所以只能用封印术，或用武力禁锢他们的动作，于是三代火影使用尸鬼封尽将两位火影的灵魂和大蛇丸的双手一同封印，自己也因此牺牲。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，期间扉间发动怪力爆发出强大的空气流与蓝色的查克拉恐吓佐助、重吾、水月、大蛇丸，连墙壁都被击碎。之后扉间本想解除秽土转生的控制，但大蛇丸通过柱间细胞加强操控，使扉间无法摆脱。期间为佐助讲述了宇智波的本质，虽然秽土之身的扉间未能完全展现全盛时期的实力，但仍能够隔空将墙壁击碎，其实力强大由此可见。扉间奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，二代火影扉间清楚这招的底细，所以并不担心结界被尾兽玉打破，而是冷静的说声我瞧瞧。之后十尾自食苦果了尾兽玉。随后扉间自豪的笑了，因为与二代火影扉间生前对战的宇智波忍者相比，二代火影从没见过这样强力的加具土命，因此，二代火影分析出这是用比例几乎完全相同的查克拉混合而成的忍术，就算长年的搭档也很难做到。此时带土已被斑的查克拉操控，初代火影与二代火影因需维持结界来不及赶到带土那边，于是兄弟二人打算靠分身前去阻止斑操控带土使用轮回转世术，然而在维持四赤阳阵的情况下分身的数量会严重减少，因此使扉间只分出了两个影分身，二代火影意识到自己的力量竟会被被削弱到这种程度，但为了阻止斑就算数量少也只能上了，随后扉间的两个影分身奔向斑来到来到斑的面前。
而此时，四代使用三叉式苦无砍伤带土，斑的轮回天生发动也因此失败，二代火影分析出四代这是事先就在带土身上做了标记。此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵，由于之间扉间集中在本体的力量太多了，所以站在斑面前的两个影分身也因此而消失。
落空
为了分析带土的出招和能力，扉间与初代火影的木分身联手对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，兄弟二人同时被带土使用求道玉的流体形态击碎半身，但扉间在被击碎的瞬间，不仅将多张起爆符贴在带土的身上，而且还在带土的身上做了飞雷神咒印纹样的标记，扉间的出手速度之快由此可见。随后柱间的木分身伸出两条树藤捆绑住带土，以便于扉间使用互乘起爆符轰炸带土。紧接着，扉间无限连续通灵出起爆符并且集中于一点无限连续轰炸带土。由于此术攻击范围大，持续时间长，不仅炸飞了众多的十尾分裂体，连扉间的秽土身躯与柱间的木分身也因此被炸毁。
然而此招却被带土使用求道玉的流体形态防御了攻击，随后扉间的秽土身躯自行恢复。在千钧一发之际，扉间利用影分身使用飞雷神之术转移十尾人柱力宇智波带土的求道玉，随后连同求道玉以及带土一起转移到了远处。营救了困境中的四代火影、漩涡鸣人、宇智波佐助，避免了不必要的损失。之后扉间与四代火影使用飞雷神互瞬回旋术配合灼遁·光轮疾风漆黑矢零式击中带土，但被带土使用阴阳遁将其无效化。此时，二代火影凭借自己生前的战斗经验冷静的分析出带土的能力是以阴阳遁为基础的术，能够将所有忍术无效，也就是说即使是秽土转生的身体，只要中招，也会因为无法转生而死亡，因此劝诫水门在之后的战斗中一定要更加谨慎。接着扉间察觉到了带土不能化解仙术的弱点，以飞雷神之术配合鸣人的仙术螺旋丸瞬间移动至带土的身后对其造成伤害，并且从鸣人身上感受到了曾经与柱间并肩作战的感觉。
紧接着带土在地面上制造出神树并同时释放出四颗尾兽玉，第二代火影原本打算与水门使用飞雷神术一人转走一个，但因考虑到即使转走了两个，但剩余两个尾兽玉却无法转移的问题而尝试别的办法，初代火影告诉大家不用担心，只要改变尾兽玉的运行轨道就可以，到时候四位火影会想办法把它们打到海上，并拜托大家制造土遁之壁，自己用树界降诞将尾兽玉引导向大海，然而柱间的想法立即被带土彻底打消，带土使用六赤阳阵封将忍者联军封锁在结界里，之后二代火影意识到只能用飞雷神术把尾兽玉转移到结界外部去了，随后二代火影询问水门能否同时转移两个，然而四代火影的飞雷神在无法标记的情况下，一个已经是极限，所以水门尝试别的办法。随后水门打算将尾兽玉连同树一起转移到结界外部去，然而这一想法却被带土嘲笑，在紧要关头，鸣人提出了一个主意，水门与鸣人碰拳使自己的查克拉与鸣人的查克拉进行接触，从而使自己的查克拉与鸣人留在忍者联军神树的查克拉连接了起来，因为忍者联军身上附有鸣人和九喇嘛的查克拉，所以使水门成功将忍者联军所有人转移到了结界外部，随后第二代火影也详细解说了这是利用了影分身的原理，即便自身的查克拉分散四处，只要有哪怕微量的查克拉残余，当本体为控制查克拉再次开始凝练时，分散的查克拉便会产生共鸣而联动。紧接着扉间使用飞雷神之术将两大九尾完全体化的波风水门与漩涡鸣人转移至带土的身后，使用螺旋丸成功击中带土，但被带土使用阴阳遁抵挡。因此与带土打了平手。
此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，为了营救被神树分裂体树藤缠绕住的鸣人，扉间使用水遁水断波接连切断了神树的树根。之后，扉间以飞雷神术瞬间将鸣人、水门、日斩转移至忍者联军的战场。期间从鸣人的身上看到了哥哥柱间的影子，深感鸣人在未来会成为超越哥哥柱间的火影。之后扉间以飞雷神之术让陷入困境中的忍者联军脱困，并鼓舞大家不用怕尽管冲。为给我爱罗留出时间救走鸣人，千手扉间瞅准斑自以为得手的瞬间，使用飞雷神斩从斑的背后展开偷袭。经过一番激战，当扉间使用飞雷神二段瞬间移动至斑的上空开始反攻时。斑使用轮墓将千手扉间定在半空中无法动弹，并利用黑棒封锁住扉间提炼查克拉的穴道。他斑清楚扉间这招的可怕之处，毕竟弟弟泉奈就是被这招打败的，所以斑不会让扉间使用出来。斑也告知秽土身躯的的扉间发挥不出曾经的力量是有原因的。
随后扉间感知到佐助即将到来，为给佐助留出突袭的最佳时机，于是扉间使用水遁·天泣突袭斑，然而却被斑使用须佐能乎初始形态的手臂防御了攻击。由于此时的扉间已被斑利用黑棒封锁住提炼查克拉的穴道。因此使扉间无法拯救佐助，只能眼看着佐助被斑一刀刺穿身体。为了挽救佐助的性命，扉间使用灵魂禁锢术将佐助的灵魂禁锢住一段时间，以此延缓佐助的死亡，其后指导帮助药师兜成功救治了宇智波佐助，随后扉间被开启六勾玉轮回眼并免疫黑棒受到的影响的佐助拔出黑棒，使扉间恢复了自由行动的能力，之后扉间以飞雷神之术将佐助送往战场，随后扉间的秽土身躯自行恢复。在宇智波斑发动无限月读后，由于是秽土转生之躯的千手扉间和其他三位火影并没有受到影响。扉间原本打算用苦无砍断包裹着中了无限月读人们的树藤，然而却没有一个人醒来，并且很快又有新的树藤缠了上来。然而，此时的战况已经更变，神树正在快速吸取包裹着忍者联军的查克拉。随后扉间感知到虽然斑的查克拉消失但同时又出现了新的查克拉并决定与其他三位火影一同前往查看。
为弄清斑的死因，扉间打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被柱间否定，随后四位火影尝试别的办法，当柱间触摸到失败的斑的下半身时，刹那间，感应到因陀罗、阿修罗、九尾查克拉合二为一的六道仙人出现在四位火影的面前，并详细告诉众火影目前的形势。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。之后由六道仙人解除秽土转生，灵魂回归净土。
而猿飞日斩是猿飞佐助之子，自幼能力出众，从小在初代火影、第二代火影严格的教育和悉心的呵护下成长。他与志村团藏、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春为木叶隐忍者学校的同期学员，由第二代火影千手扉间直接领导。晋升上忍后他们六人加入第二代火影扉间的精锐护卫部队。平时执行任务时猿飞日斩与志村团藏一组一起行动。他跟团藏有着很深的羁绊，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。在担任上忍期间，猿飞日斩培育了日后被称为传说的木叶三忍——纲手、自来也、大蛇丸。
在第一次忍界大战中，云隐村孤注一掷，投入千余忍者向木叶发动侵袭。第二代火影扉间带领着村中的精英忍者一起阻止云忍的入侵，守护着忍村，为木叶带来了胜利。使云隐以战败为结果收场。事后，云隐村内部产生了分裂，第二代雷影想停战与木叶和谈，但金角银角这对任性的兄弟却不甘心以惨败收场，他们希望继续维持战乱状态，因此，在雷影与火影的结盟仪式上，金角银角掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量凶残的杀死了自己的老大第二代雷影，同时也让第二代火影受到了濒临死亡的重伤。
紧接着，扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将“火影之位”托付给了日斩。之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、拥有九尾查克拉的金角银角。经过一场大战，第二代火影千手扉间为掩护部下撤退力竭而牺牲，金角银角也死伤惨重。
在第二代火影逝去后，日斩与团藏两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。若干年后猿飞日斩继任火影之位，此时的日斩下巴已经长出了胡须，他以火影的身份守护着村子和国家，深深继承了第二代火影的意志。日斩在继位火影后任命团藏为火影辅佐，让水户门炎与转寝小春两人担任木叶隐村的高层顾问，负责村子中大事的决策，管理木叶政务的机构。日斩是一位深爱着村子、保护居民们的伟大忍者，指导能力出众，被誉为忍术教授。他提出的方案也被纳入忍术学校的课程中。完善了忍者学校的教育体制，使村子走向太平盛世，可说是象征著木叶忍者村的人。第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，第三代火影主动辞去了火影之位。随后将火影之位交给自来也的徒弟波风水门。不久后，村里从下忍到中忍甚至连暗部的上忍都陆续下落不明，日斩收到了大蛇丸形迹可疑的情报，于是带领着暗部精英成员前往禁术基地围攻大蛇丸，日斩本想杀他，但最后于心不忍，于是让大蛇丸逃走了。
在九尾袭村事件中，第三代火影带领村子中的精英忍者们企图阻止九尾，一度将九尾逼出村外，但最终亲眼目睹而无法阻止第四代以生命来封印尾兽的结局，其妻猿飞琵琶湖也在看护分娩阶段的漩涡玖辛奈的期间，死于袭击者面具男的手上。尽管四代火影成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大，紧接着木叶高层与村中的忍者们一起讨论着选择合适的火影继承人，奈良鹿久提出由水门的后一代忍者继位，但转寝小春认为他们的经验还不足以领导众人，此时猿飞日斩挺身而出，自愿担此重任，随后得到了木叶高层水户门炎、转寝小春等众人的支持。猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影。
十二年后，在第三场中忍正式考试中，日斩特意邀请了盟友风之国砂隐村的第四代风影一同观赏这场这场淘汰赛，并设席于其旁。期间由并足雷同担任日斩的护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，日斩多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后日斩决定取消其资格，但因“第四代风影”的劝阻，日斩打消了此念头。然而日斩却没发现，此时的第四代风影只是大蛇丸变化所为....大蛇丸瞄准我爱罗进入暴走状态时，利用音隐及砂隐村向木叶隐村发动攻击。“风影”和他的部下把第三代火影捉到桔梗城楼之上，风影亦露出他的真面目，原来就是自己的学生——大蛇丸。大蛇丸的部下“音忍四人众”更在城楼上结出“四紫炎阵”，把大蛇丸及第三代火影围起来，作为他们战斗的地方，而结界所生之火焰令木叶暗部无法进入。第三代知道要逃出此阵不是一件容易的事。大蛇丸在对战前曾一度流下泪来，第三代认为杀害老师的他还是会伤心，大蛇丸则声称只是打呵欠才流泪，令在场的卡卡西、阿凯和暗部傻眼，随后向第三代火影发出挑战。
之中
在激战中，第三代使用“忍术·瓦片手里剑”攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，对方立即反击、以“潜影蛇手”袭击他；不过这只是他的“土替身”。第三代之后以“土遁·土流大河”、“土遁·土龙弹”及“火遁·火龙弹”袭击大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之辈，虽然不敢再轻视第三代，但亦扬言自己不过这么简单被解决。大蛇丸要求第三代认真决战来做个了断，第三代亦“应邀”脱去火影制服，显露其忍者战装。不过，就在第三代使用“手里剑影分身之术”之时，大蛇丸以秽土转生的形式将初代火影与第二代火影复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，初代火影与二代火影一同奔向日斩，与日斩展开体术攻击，但被日斩击开，之后，日斩使用“火遁·火龙炎弹”从口中吐出火焰向兄弟二人扑面而来，面对火遁的攻势，第二代火影使用水遁·水阵壁从口中猛烈喷出如海浪一般的水之墙，抵挡住日斩的火遁攻击！紧接着，第二代火影双手合十后，使用水遁·水冲波在一瞬间凭空召唤出犹如龙卷风般快速旋转上升的水，之后水犹如瀑布一般扩散并向下冲击日斩，日斩则使用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水；但就在从岩石返归城楼之际，先后被初代火影拳打脚踢后被二代火影强行拖入水中，在挣脱下才逃回土壁上面。二代火影使用水遁·水断波射出多支水柱击溃土壁，日斩再度落在城楼之上。此时初代火影使用木遁秘术·树界降诞从地上快速生长出多棵树木，树木连根拔起，在一瞬间制造出一片森林，并且树枝牢牢的捆绑住日斩的双手与双脚。日斩无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵”召唤出通灵兽“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。得到通灵兽“猿猴王”猿魔的协助，日斩使用其化成的“金钢如意棒”作为武器，跟大蛇丸从口中拿出的“草薙之剑·空之太刀”对战，双方打得一度不分胜负。但随即初代与第二代纷纷来犯，他没法同时对战三人，只好在初代及二代肢体上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飞。大蛇丸一度走近被打到城楼面上的第三代，称对其表示失望，第三代亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久日斩重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。大蛇丸及时化为泥泞躲避猿魔的攻击，并向日斩展示自己脸皮底下的第二真面目--就是利用“不死转生”、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。日斩引爆初代及第二代身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击日斩，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。初代亦使用“幻术·黑暗行之术”，将日斩封锁在黑暗环境当中，并对日斩展开攻击。
由于此时的日斩年迈体衰，实力已不如全盛时期这么厉害，因此，日斩只好使用禁术尸鬼封尽，随后，日斩使用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，日斩不幸被大蛇丸操纵草锥剑从背后插入，迫使日斩无力将大蛇丸的灵魂抽出，因此日斩决定利用死神将大蛇丸双手废掉，使大蛇丸永远不能结印以使用忍术。在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，期间日斩向佐助讲述了他所知道的有关宇智波鼬、宇智波一族和木叶村的一切，在讲述完一切之后，佐助决定守护木叶，于是日斩与其他三位火影一同赶赴前线战斗。日斩奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，三代火影已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后日斩自豪的笑了，看到鸣人佐助小樱三人，让日斩想起了自己的弟子大蛇丸、自来也、纲手，随后，日斩宣称，新时代来临了，让鸣人佐助小樱尽管冲。此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵。随后日斩观赏了第二代火影大人发明的互乘起爆符，因为日斩清楚二代火影大人这招的威力，所以告诫水门快跑。
为了分析带土的出招和能力，日斩使用大型手里剑影分身独自一人对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，不幸被带土使用阴阳遁球体击碎上半身，后自行恢复。此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，在千钧一发之际，日斩使用如意金箍棒打断神树分裂体的树根，救出险些被十尾吸尽查克拉的鸣人。随后日斩通过第二代火影的飞雷神术来到忍者联军的战场。日斩与大蛇丸联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后日斩使用金箍棒将神树打断。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。之后，日斩与忍者联军联手对抗使用木人之术的阿飞，在紧要关头，日斩使用五遁大连弹术抵消了阿飞的攻击，保护了忍者联军。在宇智波斑发动无限月读后，由于是秽土转生之躯的猿飞日斩和其他三位火影并没有受到影响。日斩原本打算用手扯断包裹着中了无限月读人们的树藤，然而却没有一个人醒来，而且很快又有新的树藤缠了上来。随后日斩察觉到鸣人他们战斗的地方有异样决定与其他三位火影一同前往查看。为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当初代火影触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。之后由六道仙人解除秽土转生，灵魂回归净土。
而水门自童年时代便立志当上火影。漩涡玖辛奈原本不太看好他，认为他过于阴柔。但在她被云忍掳走时，水门是唯一一位注意到玖辛奈利用红头发留下追踪线索的人，并从三位云忍手中救了她，并夸赞她的红头发很漂亮，完美地上演了一出“英雄救美”。玖辛奈对他的态度从此改变，并爱上了他，也爱上了她自己的红发。第三次忍界大战中，水门遇到了云隐村AB组合——即将继任雷影之位的第三代雷影之子·艾，以及其义弟八尾人柱力·奇拉比。水门与两人展开激烈交战，在战斗中水门对奇拉比的实力大加赞赏，并且看穿了比所拥有的“珍贵之物”，以此对艾进行开导，但艾并没有理解水门所说之话的含义，战斗以双方平手结束。
此后，木叶因前所未有的战力缺失，所以令当时还是上忍的波风水门以及旗木卡卡西、野原琳、宇智波带土去炸毁敌方补给要道——神无毗桥。当时12岁的卡卡西当日晋升上忍，水门将带有飞雷神标记的苦无送给卡卡西。身为上忍的卡卡西带领琳和带土自成一队，在遭遇敌人之时率先发动攻击，但因为没意识到“千鸟”的缺陷而陷入危机，此时水门以飞雷神之术迅速斩杀敌军的上忍，在救下卡卡西之后前往正面战场。后卡卡西遇险，水门以苦无上的标记救下卡卡西，并得知了带土的死讯。之后，与卡卡西和琳一起摧毁了神无毗桥并且结束了第三次忍界大战，从此名扬忍界。第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，第三代火影主动辞去了火影之位。凭借在第三次忍界大战中出色的表现和强大的实力，在征得火之国大名的一致同意之后，水门顺利成为了火之国木叶忍者村的第四代火影。
在鸣人出生当天，水门喜极而泣。但就在此时，一个戴着面具的神秘男子突然现身，杀死除水门一家外所有在场人员，并挟持了鸣人来威胁水门。“面具男”的目的是控制玖辛奈体内的九尾袭击木叶。虽然水门救下了鸣人，但“面具男”劫走了玖辛奈并打开封印放出了九尾，九尾在“面具男”操纵下对木叶大肆破坏。水门及时救下了玖辛奈，在安置好鸣人和玖辛奈之后便前去迎战九尾，在用时空结界成功转移九尾的尾兽玉后，“面具男”突然从背后偷袭，水门用飞雷神之术脱身。随后二人展开对决。水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。
之后
佩恩之战的时候，被仇恨驱使的鸣人即将撕下九尾的封印，这时水门出现在鸣人的精神世界及时阻止鸣人撕下封印，并告诉了鸣人自己是鸣人的父亲。鸣人向水门诉说这些年的辛酸，而水门只能对鸣人怀着歉意：“想以父亲的身份道歉也不够资格吧。”此后，水门将其让鸣人成为九尾人柱力的原因以及十六年前“面具男”控制九尾袭击木叶的真相告诉了鸣人，并解除了鸣人对于忍界和平的疑惑，指引鸣人要自己去寻找答案。水门修复封印后，因查克拉用尽而消失。残留查克拉出现在鸣人意识里，在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，佐助从初代火影那里得到了他想要的答案，决定守护木叶，于是和四位火影一同奔赴战场。水门奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，水门已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后水门高兴的笑了，因为他没想到自己能再次看到新三忍。随后水门评价佐助与鸣人的忍术像风车似的手里剑，外加比漆的色泽更黑暗的箭矢。于是水门将它命名为灼遁·光临疾风漆黑矢零式，随后水门高兴的笑着。
此时带土已被斑的查克拉操控，初代火影与二代火影因需维持结界来不及赶到带土那边，于是兄弟二人打算靠分身前去阻止斑操控带土使用轮回转世术，紧接着，水门使用影分身通过带土身上的飞雷神术式来到带土的面前，使用三叉式苦无砍伤带土，残留的标记让水门认出带土就是当年操控九尾袭击木叶的面具男。斑的轮回天生发动也因此失败，随后二代火影详细解说了水门这是事先就在带土身上做了标记。此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵。
随后水门观赏了第二代火影发明的互乘起爆符，感叹二代火影大人的出手速度之快，因为三代火影清楚二代火影这招的威力，所以告诫水门快跑。为了分析带土的出招和能力，水门使用三叉式苦无独自一人对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，不幸被带土使用求道玉打断右臂，并且无法恢复，随后水门自认为使用飞雷神术逃脱了求道玉球体的追踪，然而，求道玉球体也紧紧跟着水门。在千钧一发之际，第二代火影利用影分身使用飞雷神之术转移十尾人柱力宇智波带土的求道玉，随后连同求道玉以及带土一起转移到了远处。营救了困境中的水门、漩涡鸣人、宇智波佐助，避免了不必要的损失。
无双
第三代火影打算让卡卡西负责新毕业的三个学生：漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱。鸣人等人刚从学院毕业后，卡卡西就成为鸣人、佐助及小樱这些下忍的带队老师，但是卡卡西再为他们这些毕业生安排生存测试，若不能通过就要求他们重返学院学习。历年来均没有人成功通过卡卡西的下忍测试，卡卡西的下忍测试，是要求鸣人他们在中午前，夺去绑在自己腰间的两个铃，由于只有两个，故此队中最多只有两人能成功通过考试，一人则被淘汰，被淘汰者非但没有饭吃，更可能被评为不合格而重返学院。卡卡西亦要他们以抱着杀死他的心，才有机会夺去他手上的铃。三人当中，鸣人的表现最差，他非但不隐藏起来，还大模大样地向他挑战，结果被卡卡西以体术秘技——“千年杀”击飞。之后又中了卡卡西设的简单陷阱，两次被吊在树上，被卡卡西批评为“只会横冲直撞，破绽百出”。相反，樱及佐助比较冷静，他们一开始就隐藏起来。佐助趁卡卡西向吊在树上的鸣人讲解时，掷出手里剑攻击他，但却只打中他的替身。后来再度遇上卡卡西，其身手及智谋，以及使出火遁·豪火球之术，令卡卡西不得不承认其天赋。但最后仍被卡卡西以忍术土遁术·御杀斩首术埋在地下。
卡卡西批评佐助只喜欢个人主义，不明白队伍合作的重要性。至于樱，一如以往只担心佐助。所以当佐助的偷袭失败后，就去找佐助。途中却中了卡卡西的幻术，身受重伤的佐助向他求救，她立刻被吓得晕倒。醒来后，误以为佐助真的有生命危险，故继续找佐助。但当看见被埋在地上，头部外露的佐助跟他说话时，便以为是死去的佐助在和她说话，二话不说再次晕倒。结果，三人都不能在中午时份抢到卡卡西的两个铃，鸣人更因欲偷走测试中准备的食物，被卡卡西缚在木柱上。卡卡西说他们三人跟本没资格当忍者，连返回学院的资格也没有。卡卡西也说出测试的真正目的，就是要他们表现“团队合作”的重要性，即使面对自己可能要被淘汰出局，也能放弃个人利益，跟伙伴一起合作；那些只顾自己表现及不重视队友的人，是不能做忍者的，之后又向他们展示了旁边石碑上殉职的英雄。
后来卡卡西“手下留情”，说又再给他们一次机会，但却不准许樱及佐助给鸣人食物。就在卡卡西离开后，佐助深明卡卡西真正的意思，私下给鸣人食物；樱看见后，也把自己的一份给鸣人吃。卡卡西突然出现，告诉他们已经过关，因为他们不像以往考生那样，没有自己的想法，亦没有重视伙伴的精神。卡卡西和鸣人等人接受了C级任务，要护送建筑工人达兹纳回国，但途中遇上被波之国无良商人卡多雇佣的叛忍桃地再不斩和白，卡卡西两次与再不斩交手。第一次，卡卡西中了再不斩的计谋，被水牢之术困住，幸好鸣人及时相救。之后卡卡西使用写轮眼，复制再不斩的水遁·水龙弹之术，将其击败，但也因为查克拉消耗过大休养了一段时间。
第二次，卡卡西使出追牙术，困住再不斩，然后使用雷切，但这一招却被白拼死挡住，见白已死，心灰意冷的再不斩牺牲了自己的性命，反过来把作恶多端的卡多杀死。根据他临终前的托付，卡卡西把再不斩、白连同再不斩的斩首大刀葬在一起。在中忍考试中，卡卡西一直在旁边观看鸣人等三个学生的比赛。当佐助在第一战胜出后，卡卡西就把大蛇丸留在佐助脖子的天之咒印暂时封印。然而却遇上了传说中“三忍”之一——大蛇丸，企图带走佐助，卡卡西便向大蛇丸展示自创秘技--雷切及开启写轮眼，还警告大蛇丸如欲带走佐助，决定与他同归于尽。
不过大蛇丸就暗示卡卡西根本没有这种能力杀死他，但亦没有立刻带走佐助，转眼便离开了。卡卡西亦意识到自己没有杀死大蛇丸的能力。后来卡卡西在第三场正式考试前，努力训练跟他有相同“雷”属性的佐助。卡卡西对佐助进行了多日刻苦的训练后，终于让佐助完成可克制我爱罗“砂防御”的“千鸟”；并在佐助比赛资格快要被取消的那一刻，及时把佐助送到中忍考试会场内。然而，就在佐助跟我爱罗进行激战之际，大蛇丸突然对木叶隐村发动了攻击，而佐助亦追赶被千鸟打伤的我爱罗。
另一方面，卡卡西则解开了音忍药师兜对会场观众释放的幻术，他命令春野樱把中了幻术的漩涡鸣人及奈良鹿丸唤醒，并跟忍犬帕克一起、前往阻止佐助追击我爱罗。大蛇丸更联同砂忍合力进攻木叶村，我爱罗的任务之一就是在大蛇丸进攻的同时发动一尾，可惜由于他的情绪波动在中忍考试时已经提前发动了一尾，但被佐助的千鸟打伤后被手鞠和勘九郎带走，之后他安定下来再次发动一尾，佐助赶上跟我爱罗大战，可惜佐助始终不敌一尾，一尾正想杀佐助之时呜人及时赶到救下佐助，更发动前所未见的力量最后和我爱罗打得两败俱伤。卡卡西则联同阿凯，应付密集如云的音忍及砂忍。结果大蛇丸计划失败，但三代火影亦付出了自己的生命。就在第三代火影的丧礼进行前，卡卡西自己一人前往英雄慰灵碑处，悼念过去死去的队友——宇智波带土。就在木叶崩溃战后不久、百废待兴时，两名隶属于神秘组织——“晓”的S级叛忍来到了木叶村。此时，卡卡西刚好赶到，复制鬼鲛的水鲛弹之术，并把鬼鲛逼退。自佐助执行任务以来，多次需要鸣人的协助才能逃过危机，于是佐助开始对鸣人的能力感到嫉妒。卡卡西对此是非常清楚的，于是当佐助跟鸣人在医院天台对战时，他及时阻止二人的战斗，并化解了他们的螺旋丸及千鸟攻击。晓组织捉去了拥有一尾力量的人柱力第五代风影我爱罗。砂忍向木叶求援，木叶派出卡卡西班，砂隐的千代婆婆其后一同加入。第五代火影纲手再派出凯班作增援，两班分别在途中遇上‘晓’的成员鬼鲛。后来与鸣人合作，及鸣人使出螺旋丸加强版--大玉螺旋丸击败。之后再遇上“晓”的成员迪达拉及赤砂之蝎，迪达拉以我爱罗的尸体把性格冲动的鸣人引开。为了避免鸣人独自行动，他从后面追赶鸣人，留下樱及千代婆婆暂时应付蝎。为了节省时间，卡卡西开启了万花筒写轮眼使用神威。但是此时卡卡西对他新的写轮眼还不熟悉，还不能熟练的控制结界空间的位置和大小，瞳术打偏到了迪达拉的右手上，而且卡卡西在体力方面亦明显不能支撑这种术，很快就感到疲惫。掉下巨鸟的迪达拉变出分身，欲把他们全部炸死，卡卡西又用神威把他和爆炸一起转移到了另一个空间。由于连续使用两次万花筒写轮眼，卡卡西需要休息一段时间。期间由来自暗部的天藏暂代七班的队长。猿飞阿斯玛在对决晓不死组合飞段、角都时牺牲，第十班矢志为老师复仇。卡卡西主动请缨，暂作为第十班的队长，去寻找飞段、角都。甫一对战，卡卡西便用写轮眼看出了角都的土属性结印并以雷切破了其土遁硬化术并刺穿其心脏。谁知对方拥有多个从其他忍者抢来的心脏所以没有死。并且角都能使用心脏所属属性的忍术。后飞段去攻击卡卡西，角都在后面攻击，企图利用飞段的不死之身将卡卡西消灭，所幸被卡卡西及时躲开。后卡卡西发动双手雷切替第十班成员挡去了角都的伪暗。这时候局面以一敌二，非常不利……连续的消耗使卡卡西喘不过气来；不过，最令卡卡西惊讶的，就是角都居然曾经跟初代火影对战过。
这时角都欲以卡卡西的心脏填补被雷切摧毁的心脏。面对角都的风火遁攻击，卡卡西用水阵壁抵挡，但风火克水；趁卡卡西不注意，角都用“地怨虞”将他绑住，准备强行用血管挖出卡卡西的心脏。然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液并把它交给鹿丸，飞段被鹿丸所骗误用角都的血液使用咒术，角都心脏被破倒地。但角都却突然将全身的触手伸出，把卡卡西他们绑着，情况不利。卡卡西欲使出万花筒写轮眼，这时大和，鸣人等赶到，最后角都被鸣人的风遁螺旋手里剑击倒。而卡卡西以雷切击败倒在地上、动弹不得的角都，摧毁他最后一个心脏，后把角都的尸体带回木叶村给纲手研究。为得知晓的情报，木叶决定锁定面具男，新七班和第八班联手行动。后众人与“晓”的新成员——一个戴着面具、自称“宇智波斑”的神秘男子对战。“面具男”凭借出神入化的时空间忍术将木叶众人玩弄于股掌之中，众人的攻击均对其无效。
佩恩六道突然来袭，木叶陷入混乱局面。正当伊鲁卡老师照顾受伤的木叶忍者时，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及时相救才没事，卡卡西快速躲开佩恩的攻击，并结印召唤土流壁，欲以雷切攻击，却被佩恩使用神罗天征弹开。卡卡西又召唤雷分身，发出雷犬试探。可是雷犬也被吸收。后修罗道也出现，联合万象天引，卡卡西的雷分身被破。此时卡卡西已经了解到佩恩的部分能力就是“类似于引力和斥力”的东西。二对一的情况绝对不利……秋道父子赶到攻向佩恩，修罗道被之前破掉的雷分身击中，无法逃脱而被“打扁”。卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒间隔时间和自己的计划。随后，卡卡西佯装从地底突袭佩恩，佩恩被迫又一次使出神罗天征将卡卡西弹开，在天道走近卡卡西欲攻击他之时，秋道父子出动肉弹战车攻击佩恩，实则是要借佩恩的能力将他们弹开。佩恩以为只是单纯的攻击，却没想到卡卡西在实行地面攻击之前就将铁链布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束缚在了中间，卡卡西用雷切准备攻击。可是这时，未被杀死的修罗道却出现在卡卡西的雷切前，这为天道再次使用“神罗天征”争取时间。天道害怕卡卡西还有其他打算，打算和卡卡西保持一定距离，用钉子射向卡在废墟中无法动弹的卡卡西，但被卡卡西用神威转移。修罗道向丁次发射了跟踪导弹，此时卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最后发动了神威将导弹转移到异空间，保护丁次。因为卡卡西说：这是为了拯救木叶的最好方法——将自己好不容易得来的情报交给能离开的人。虚耗过度的卡卡西，想起了琳、带土、第四代火影以及他父亲……纲手通过通灵兽感知到卡卡西的状况后，愤怒的破坏一根柱子……鸣人回到木叶后，因变成仙人模式可以感觉到大家的查克拉，但没有感觉到卡卡西的查克拉。后鸣人成功感化佩恩的本体——长门，长门运用外道·轮回天生之术使全木叶村所有人复活。卡卡西在精神世界中见到父亲后醒来。
纲手在佩恩一战后仍然昏迷，卡卡西被奈良鹿久提名为火影候选人，并受到火之国大名和高层认可，可大名任命宇智波林渊为六代火影。“面具男宇智波斑”再次不请自来，被大和用木遁束缚，卡卡西以雷切威胁“斑”说出目的。“斑”说了一番大道理后以时空间忍术离开。我爱罗推荐宇智波林渊，受到众影认可。五大忍国与“面具男宇智波斑”之间的战争，忍者联军八万忍者集结主要分为五大部队。第三部队是中短距离支援部队，由兼备速度和体力的忍者组成，旗木卡卡西担任队长。卡卡西结束和被药师兜秽土转生复活的忍刀七人众的战斗后，与阿凯在“斑”欲吸收鸣人的一瞬间夹击“斑”，但被“斑”觉并且躲过，成功救出了鸣人。在与“斑”的对战中因不敌“斑”，而与被“斑”控制的尾兽僵持，僵持一段时间后，尾兽集体准备发出尾兽玉攻击卡卡西与阿凯，危急时刻，卡卡西欲使出神威将尾兽玉转移，阿凯却认为尾兽玉过于巨大无法全部转移，欲牺牲自己开八门遁甲的第八门死门来抵挡尾兽玉，最终被鸣人九尾模式所救，“斑”使用九大尾兽的查克拉复活十尾，忍者联军抵达战场，在忍者联军的接连攻击下将十尾暂时控制住，此时卡卡西已经很累，被鸣人传输了九尾的查克拉以后，体力恢复。
可惜
鸣人用螺旋丸攻击带土，“斑”用宇智波团扇反弹。于是使出迷你尾兽玉向“斑”发动攻击却穿身而过。迈特凯的攻击也是穿身而过。鸣人四人碰不到“斑”的身体。一切皆为徒劳.......卡卡西趁机用神威试图弄断外道魔像的脑袋，被“斑”用时空间忍术解除。鸣人等无法对魔像下手，只能先击败带土。卡卡西扔了一只苦无，还是穿身而过，苦无飞向鸣人。苦无被卡卡西用神威传送走。攻击结束后，“斑”的面具上多了一道裂痕。卡卡西认为产生裂痕的成因是被传送到异空间的苦无！卡卡西的神威异空间和“斑”异空间相通！随后在异空间把“斑”炸伤的螺旋丸证明了这一点。
卡卡西质问“斑”：“你是从哪得到这个眼睛的！？”
“斑”回答：“硬说的话，是在神无毗桥之战！”
卡卡西震惊地准备说出面具男的名字。卡卡西用神威将鸣人分身转移到异空间，“斑”未注意。在异空间中，“斑”的面具被鸣人的影分身用螺旋丸打碎。“斑”的真面目竟然是昔日队友宇智波带土。卡卡西十分惊诧，质问带土为什么走上这样一条路，带土冷冷的回答：“我的生死已经无关紧要了，如果要问我为什么会活下去的话，也是因为你对琳见死不救！”“我对你已经无话可说，剩下的只有这最后的决战！”随后真正的宇智波斑也来到众人面前。宇智波斑前去对付八尾与九尾，带土则对战卡卡西，带土将查克拉变为数十个巨型手里剑扔出，卡卡西发动土遁防御，但被带土穿过并砍伤了卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威将其吸入异空间。卡卡西神威扭开异空间出来。带土转身跳起用膝盖重创卡卡西，用双十字手里剑戳穿卡卡西胸膛，瞬间血流不止。紧要关头，鸣人分身保护了卡卡西。带土使出木遁束缚住九尾鸣人，要用神威再将卡卡西吸入，但正处于虚弱的卡卡西被吸入进去后就无法发动神威的查克拉，一旦被吸入就无法出去。情急之下无法动弹的鸣人用脑门撞了带土。带土被撞飞。这时九尾把大量查克拉传给了卡卡西。带土却趁机把卡卡西吸到异空间.......九尾攻击带土，带土虚化。在异空间的卡卡西趁机袭击带土，将其重创。
在佐助和四影赶往战场之际，卡卡西和带土进入异空间展开激烈的战斗，两人在双杀的瞬间分别使用雷切与黑棒互相穿透双方的身体，带土也因此毁掉了斑埋入的禁锢咒符。在十尾人柱力带土摧毁忍界之际，卡卡西因伤势过重而停留在异空间中使用医疗忍术针线缝补自己的伤口，在十尾人柱力带土被忍者联军、漩涡鸣人以及宇智波佐助击倒之际，卡卡西利用神威从异空间出来手持苦无打算杀掉带土，以亲手了结二人之间的羁绊。水门不让卡卡西动手，并对两个人进行教诲，指出卡卡西没有及时从内心深处改正带土的错误，卡卡西第一次向水门吐露心声。紧接着斑也到达现场。为了取回轮回眼，斑开始再次劝诱带土，为了阻止带土走向斑，我爱罗双手拍地使用沙漠波，卡卡西左眼释放神威，水门向斑的脚下扔出一支三叉式苦无，紧接着，水门使用仙人模式，我爱罗的沙子在带土的面前变为一面墙，打算以此阻止带土前往斑，卡卡西的神威也企图将带土吸入异空间，接着，水门通过斑脚边的三叉式苦无的术式来到斑的面前发动螺旋丸向斑展开攻击，然而却被斑无视，使用六道禅杖瞬间打断了水门的左臂，令其无法恢复。
随后斑一脚将手持螺旋丸的左臂踢开，接着斑直接将水门踢开，随后，手持螺旋丸的左臂与水门同时击中在我爱罗与卡卡西的身上，因此，三人的攻击被斑瞬间化解。在鸣人佐助与斑的对决中，斑为了集齐自己的一对轮回眼。他以迅雷不及掩耳之势夺取了卡卡西的左眼万花筒写轮眼，并将其放入自己的左眼处，接着斑发动神威进去异空间取回自己的轮回眼。随后失去左眼的卡卡西被鸣人使用阴阳遁将其创造出一个普通的眼睛。
在斑发动无限月读之际，卡卡西和原第七班成员被佐助的完全体须佐能乎保护，因此没有受到无限月读的影响。无限月读开启后卡卡西提出将第七班领导权交给拥有轮回眼的佐助，遭到了鸣人的反对、但佐助并没有表示出自己真实的想法，之后宇智波斑遭到了黑绝的背叛，黑绝利用斑复活了大筒木辉夜。大筒木辉夜复活后，小樱本想冲上前去但被卡卡西制止，劝诫小樱不经过思考的行动毫无意义。之后辉夜发动术时卡卡西、小樱和带土险些掉入岩浆中，卡卡西用一端系着苦无的卷轴救了自己和小樱，另一边用苦无定住了带土的一只手使他免于掉入岩浆中。最后在佐助和鸣人的帮助下成功脱险。与鸣人，佐助一同对抗大筒木辉夜。一息尚存的带土利用辉夜进入时空间的空档使用神威成功与小樱和卡卡西进入到神威的时空间中，带回了佐助。佐助回来以后辉夜打开了超重力场，企图用尸骨脉干掉鸣佐二人，但尸骨脉被卡卡西和带土挡下，带土用神威转移掉了尸骨脉救下了他，自己却光荣牺牲，在另一个世界里见到了野原琳。琳为卡卡西和带土仍然有深深的羁绊而感到高兴，可是带土说在到那个世界之前要帮助卡卡西，因为他对卡卡西跟稻草人一样站在那里看不过去。带土用神威进入了卡卡西的精神世界，跟卡卡西进行了一番对白之后将双眼给予卡卡西，卡卡西利用双眼开启了完全体须佐能乎救了小樱一命，并打算和带土等所有人一起见证这一切。最终在卡卡西的指导下，第七班合力封印了大筒木辉夜以及黑绝。
可迈特凯于中忍考试时初次登场。在中忍考试登记场内，李洛克私下挑战佐助，并欲以禁术·莲华击败对方。但阿凯先召唤出忍龟，阻止小李使用禁术；不久又站在忍龟身上，并正式登场。对小李的犯错，他予以重拳的惩罚；但因为爱这名徒儿，之后又像青春剧般，对小李教导一番，并激动的流着眼泪。佐助等第七班的人，尽管对这对奇怪的粗眉师徒感到无奈，但阿凯瞬间出现在他们背后之举，使他们不得不承认这名老师是有强大的实力。阿凯曾跟第三代火影抗议，认为不应让从忍者学院毕业的九名新人参与中忍考试，因为这样过于冒险。他本身也是让自己的学生们锻炼一年后，才准许他们参加中忍考试。但他的抗议被最终被第三代火影否决，而九名新人亦被批准参加考试。阿凯作为李洛克、宁次及天天的导师，观察他们在中忍第三场预选比试的表现。于比试进行时，他曾出手相救快要被徒儿宁次杀死的日向雏田，阻止了宁次冲动之举。
后来目睹爱徒李洛克被“砂瀑”我爱罗用砂瀑送葬之术弄断左手及左脚骨骼；当我爱罗进一步想杀死小李之际，他瞬间出现在砂爪面前及一手拨开砂子，挽救了小李的性命[18]。他看见小李处于昏迷状态、左肢骨骼受创之际，仍要坚强地站起来，阿凯立即无法掩盖自己的哀伤，洒下男儿泪。当他从医疗忍者口中，得知小李将可能无法成为忍者时，他更是自责不已，一度呆站在场内一段时间。而迈特凯，中忍第三场正式考试前夕，他曾到医院探望小李，遇上欲杀掉小李的我爱罗，并及时阻止对方的疯狂行动。中忍第三场正式考试进行期间，他带着负伤及需拿拐杖行动的小李，到试场观赏比赛。但不久音忍及砂忍对木叶隐村展开大规模的攻击，阿凯先自行解开音忍药师兜所施展的幻术，及联同旗木卡卡西一起应付试场内为数众多的音忍及砂忍。隶属于“晓”组织的木叶叛忍宇智波鼬，及雾隐叛忍干柿鬼鲛，为追捕拥有九尾的鸣人，来到了战后的木叶隐村。上忍夕日红、猿飞阿斯玛及卡卡西先后跟他们对战，但均败下阵来。当“晓”两人欲有进一步行动时，阿凯及时出现并一脚踢开干柿鬼鲛，这一脚亦成为了鬼鲛一直怨恨之事。常年与卡卡西交手的他对写轮眼颇有了解，他亦说出应付鼬写轮眼的方式，就是把视觉集中在自己的足部，反而透过感应力来得悉对方的位置及进行攻击，凯联络了暗部，并决定先与鼬和鬼鲛交手拖延时间，鼬为了避免多余的战斗和鬼鲛离开。
后阿凯追赶他们到旅店，没有看清楚情况，便重重一脚地踢开自来也。当然他也尝到了自来也的一顿臭骂，告别时把昏迷的佐助带回村中。纲手回归及宇智波林渊就任第五代火影后，他立刻前往找纲手，请求她为在中忍试时受伤的爱徒小李治疗。然而，纲手指出手术的成功率只有5成左右，若手术失败，小李随时连性命也要赔上。正当小李为应不应进行手术而苦恼时，阿凯前来劝解他，并鼓励小李应接受手术。阿凯更说出若小李因手术失败而亡，他也会选择陪伴小李一起死去。这番话强烈感动小李，令小李毅然选择动手术。当鹿丸率领一众下忍追赶佐助时，阿凯亦刚完成任务归来木叶忍者村。他追问纲手徒儿小李的状况，及得悉手术非常成功时，他高兴得泪涕齐下。但当医疗忍者报告小李没在病房休息及失踪时，阿凯知道小李一定是私下离开村子、前往协助营救佐助，他的神色即来个一百八十度转变，由高兴变成极度紧张。尢其是在他知道小李错误把酒当药带在身边时，他的神色显得异常凝重，因为他知道小李将会使出可怕的拳术——“醉拳”
他率领小李、宁次与天天协助卡卡西班救回风影我爱罗，途中遇上象转之术形成的鬼鲛替身，但此替身无论在外貌、忍术及武器方面都跟真正的鬼鲛差不多；更可怕的是替身原来是在真正鬼鲛的意念控制下行动。面对拥有强大查克拉量及擅长水遁术的对手，阿凯一度处于下风，在危急关头打开八门遁甲的第六门景门，以朝孔雀将鬼鲛替身击败。虽然阿凯对于这个突如其来的对手没什么印象，不过却对这只是替身而感到惊讶。后阿凯班与卡卡西班一同赶到“晓”成员的聚会场所，在解除设在入口处的五封结界时却中了“晓”所设下的陷阱，阿凯班成员所在之处出现了他们各自的分身，分身的能力和本人一样，而他们将不得不与这些分身战斗。就在他跟分身对战、感到力不从心，听到徒儿小李的激励。在“不认老”的意念下，他使出全力给予分身最后一击，获得最终胜利，后来成功护送风影我爱罗返回砂忍者村；因卡卡西体力消耗过多，不能行动，阿凯便以奇怪的姿势背着卡卡西返回木叶忍者村，惹来第三班及第七班成员的白眼，唯独是爱徒小李“懂得欣赏”了……在鸣人向八尾人柱力奇拉比学习时，阿凯去探班，成功控制九尾查克拉的鸣人发现鲛肌内藏匿的鬼鲛，鬼鲛欲带着情报卷轴逃跑，阿凯打开八门遁甲中的七门与其交战，并用体术奥义“昼虎”击败并抓捕了鬼鲛。第四次忍界大战期间，阿凯与卡卡西在与被药师兜以秽土转生形式复活的忍刀七人众交战过后，赶往鸣人、奇拉比所在的战场与面具男对峙。阿凯使出自己招牌双截棍与面具男硬拼体术，以双截棍被吸走的代价使鸣人重创面具男，鸣人与卡卡西漂亮的配合战终于打碎了面具。凯和卡卡西同时认出了那张伤痕累累的脸——宇智波带土。卡卡西因为旧友成为敌人而陷入低落状态，阿凯则一直在一旁激励卡卡西，随后宇智波斑来到战场，阿凯与众人一同对付斑和带土。当斑吸收了尾兽之力成为十尾人柱力之后，阿凯前来支援卡卡西，为了彻底击倒眼前的敌人而打开七门与斑对战，但仍然无法打败斑。此时阿凯回忆起儿时父亲迈特戴的教诲，而终于做出决定，开启八门遁甲中的最后一门——死门，打算牺牲性命打倒斑。八门状态下的阿凯先后使出“夕象”、“夜凯”等招式，其威力强大得甚至连获得六道之力的斑都无法抵挡而重伤吐血，获得了斑的认可，但最终还是功亏一篑，没能击倒斑便已耗尽了力量。
眷恋
数千年前，上古时代的人类世界就已经战争连连，某天，辉夜与大筒木一式前往地球种植神树，二人原本是一对搭档，但辉夜不知何因对一式发动突袭，并险些将其所杀，之后辉夜独自看守神树。待查克拉果实成熟后会按照惯例返回自己的星球将果实交给大筒木一族的高层。辉夜降临世间后，与祖之国的领主“天子”相遇并坠入爱河，孕育了羽衣与羽村。然而辉夜的命运却被人类摆布，她的这份感情遭到了背叛，成了人类的敌人，为了保护腹中的两个孩子，辉夜通过吞食神树果实获得了血继网罗的力量，利用黄泉比良坂连接外太空，利用宇宙中的其他星体当做媒介发动无限月读，将包括天子在内的全人类变成了神树的供品，以此统治了人类世界，只有一部分人类被洗去记忆放了回来，为的是享受在地球上的至高无上的的地位，时间一长，辉夜不再想回到她原本的星球。不久两个孩子出生了，他们与生俱来便继承了辉夜的能力，长子名叫大筒木羽衣，继承了辉夜之力中的“轮回眼”。次子名叫大筒木羽村，继承了辉夜的白眼，但两人对母亲辉夜的来历一无所知。由于辉夜偷吃了神树果实，她害怕大筒木一族高层派人来到地球找她，因此她每隔一段时间就让人们前去“供奉”神树，以此让神树吸取人们的精魂，从而制造出大量的活体兵器白绝来应对以后到来的桃式、金式、浦式。不久后，发现了真相的羽衣反对供奉神树的做法，羽衣与羽村为了保护人类，而多次请求辉夜中止对神树的供奉，辉夜看到自己孩子理解不了自己的苦心，感到十分失望，于是打算夺回分散给两个孩子身上的查克拉。
接着，羽衣和羽村两人两人手持仙人锡杖对战母亲辉夜。神树为了保护辉夜而变成了十尾，三人之间战斗持续了数月，这场战斗给世界来带了巨大的灾难，最后，羽衣和羽村的力量超越了辉夜，两人利用阴阳之力使用地爆天星封印了自己的母亲，大地上的石头飞向空中将辉夜包成了一颗球形石头，然后飞往无人能及的高空，形成了月亮，同时，羽衣也将失去力量的十尾空壳偷偷封印在了月亮上，之后羽衣解除了无限月读，使被神树包住的人们得以解脱。事后，大筒木羽衣认为拥有庞大查克拉的十尾会给世界带来灾难，因此他将十尾的查克拉吸收在自己的体内，并将十尾分成了九只尾兽，以此弱化十尾的力量，然后培养九只尾兽，让它们相信人类并帮助人类。为了看守外道魔像，于是羽村率领着部分大筒木一族移居到了月球生活。此后，六道仙人成为了地球忍者的开山始祖。但两兄弟都不知道，在辉夜被封印之前，她就用自己的意志和肉体创造了黑绝并计划利用黑绝复活自己。黑绝一出生便犹如一滩水洼一般，可以自由潜入地底。由于被留下的黑绝没有任何力量，所以他只能潜伏在黑暗中，小心翼翼地制定复活母亲辉夜的计划，与此同时，对这些一无所知的羽衣，有了儿子因陀罗和阿修罗，还创造了忍宗，最终羽衣走完了一生。临死前他将尾兽们分散到世界各地。
复活母亲辉夜有两个必要条件，一是神树，二是轮回眼释放的无限月读，然而轮回眼所必须的羽衣查克拉，却被分散到了因陀罗和阿修罗身上，能够组成十尾的尾兽们，也被分散到了世界各地，想复活辉夜，就必须集齐这全部的要素，因此，黑绝需要一段漫长的时间。首先黑绝为了重新凑齐羽衣的查克拉，决定利用在继承人之争中败北的因陀罗，黑绝挑唆他，然后让因陀罗的后代宇智波一族成为了黑绝故事中的角色。羽衣编写的拙劣脚本也被黑绝稍稍作了修正，也就是羽衣留下的石碑，被黑绝改写了，只有无限月读才是拯救宇智波的途径，而宇智波却毫不知情，演得非常出色，因陀罗和宇智波，阿修罗和千手，彼此为追求力量而争斗的情节达成了，自那以后不知多少次，黑绝接近两族因陀罗和阿修罗的转生者们，试图激发轮回眼。却一次次失败，仅是执行这些步骤，黑绝就花了一千多年的时间。
而当转生者变成宇智波斑和千手柱间的时候，黑绝终于确信，斑有能力做到，这是复活母亲辉夜的第一步。然而宇智波斑败在了千手柱间手下，黑绝以为一切都回到了起点。但命运却没有抛弃黑绝，斑的尸体对于忍者而言就是一座宝库，潜心研究写轮眼之谜的扉间并没有处理掉斑的尸体，而是将斑的尸体藏在了木叶的深山，斑也不傻，他算准了即便败在千手的手下，扉间也不会处理掉自己的尸体，于是对自己施了术，万花筒写轮眼，能够以时间差把术施放在眼中，，斑将伊邪那支设在了右眼中，他以右眼为代价改写现实得意复活，并将影分身装成尸体。事后，斑吐出从柱间身上咬下的肉块，把它移植到自己的伤口上，此后，斑终于开启了轮回眼，召唤来了外道魔像，并且他还用外道魔像培养柱间肉块，意图获得永生，在这个过程中，斑偶然间得到了一种魔物，那就是白绝，可事实上这不过是黑绝把曾经中了无限月读的人们从外道魔像中提取出来给斑看了而已。两股相反的力量互相作用，得森罗万象，斑一如石碑休克修刻的文字那样，对柱间的执念愈发强烈，于是，黑绝让自己彻底成了宇智波的影子，假装是斑创造了自己，操纵带土，开始了回收尾兽的计划。之后黑绝促使晓结成，引导他们走向战争，为了增强战斗力，黑绝故意让兜发现了斑的尸体，并引导他将斑的尸体用作交易的筹码，为带土提供助力，然后这场战争使无限月读按计划发动，大量分散各地的人类查克拉被集中在一起，以便于复活母亲辉夜。
在斑发动无限月读后，黑绝趁斑与鸣人等人对话的时候，悄无声息的来到斑的背后，用手贯穿了十尾人柱力斑的身体，然后地下爆发出高密度的查克拉，这些查克拉逐渐被斑的身体吸收。斑的身体终于因过度吸收查克拉而极度膨胀，并最终变化为辉夜的形象，辉夜终于在斑的身上复活。辉夜自称这片土地是自己“重要的苗床”，并打算消灭未被“无限月读”影响的第七班成员。黑绝也回到了自己的制造者的身边。辉夜复活后，黑绝藏在母亲辉夜的衣袖里，在鸣人与佐助联手和辉夜交战时，黑绝附身在二人身上，以此定身二人的行动，黑绝在吸收他们查克拉的同时，将关于自己的一切真相告诉了鸣人和佐助。辉夜与鸣人、佐助交手之后，黑绝建议辉夜分开两人，于是辉夜施展“黄泉比良坂”将佐助拖往沙漠世界，先干掉眼前的鸣人。之后佐助在鸣人分身、带土、春野樱的帮助下从沙漠世界回归，引起了辉夜的担心，于是黑绝建议辉夜不要再浪费查克拉，直接把他们杀掉。辉夜开启了超重力场并打算用“共杀灰骨”杀掉鸣人、佐助二人。但卡卡西和带土自愿为二人挡下攻击。带土用神威救了卡卡西，自己光荣地牺牲了。此时佐助的轮回眼能力已经恢复并突袭辉夜，辉夜使用轮回写轮眼成功地闪避了攻击。鸣人使用九个尾兽的查克拉使出九种“螺旋丸”，从而激发了辉夜体内尾兽的共鸣，辉夜部分查克拉流出体外从而暴走。后辉夜开启膨胀求道玉，准备再次创世，但此时卡卡西也得到了带土的查克拉附体，开启完全体须佐能乎的卡卡西，第七班再次一起对抗敌人。在卡卡西的指挥下，第七班进行最后一次完美的精妙配合，右肩被卡卡西的“神威雷切”打伤。鸣人、佐助联手准备将其封印，辉夜本想使出“共杀灰骨”，但被卡卡西用神威转移，又想切换至冰雪空间，但是碍于佐助会用天照而只得向上躲避，但情急之下未注意到上方的小樱而被她一拳击中头部，之后被鸣人、佐助两人合力施展“六道·地爆天星”将辉夜封印，所有尾兽脱离辉夜的体内，作为复活媒介的宇智波斑也被一并吐出。黑绝本想等待下一次机会复活辉夜，但最后被鸣人扔到地爆天星之中。
而大筒木一族是来自其他星球的星际种族，他们天生拥有强大的力量，不需要和凡人一样修炼。为了获得永恒的生命和强大的力量，大筒木一族高层派族人分别前往不同的星球种植查克拉神树，在看守千年才会结一次果的神树同时，还要不断地向大筒木一族供奉查克拉，待查克拉果实成熟后将查克拉果实上交给大筒木高层。然而辉夜逃离到地球后便切断了与大筒木一族的联系，她倾向于地球的人，不仅中断了本该上交给大筒木高层的查克拉，还通过独吞千年才能结一次果的神树果实获得了查克拉，并凭借实力平定了地球的纷争，使辉夜在地球上得到了至高无上的的地位和能力，在众人的祝福下诞下双子。后来变得非常贪婪自大，因此辉夜不再想回到她原本的星球去做下等人，而是统治地球。两个孩子天生便继承了辉夜的能力，长子名叫大筒木羽衣，继承了辉夜之力中的“轮回眼”。次子名叫大筒木羽村，继承了辉夜的白眼。两人对母亲辉夜的来历一无所知。由于辉夜害怕他们的存在，因此她发动无限月读制造出活体兵器白绝企图应对以后到来的大筒木三人组，期间辉夜让羽衣和羽村负责监督人们前去供奉神树。
不久后，发现了真相的羽衣反对供奉神树的做法，羽衣与羽村为了保护人类，而多次请求辉夜中止对神树的供奉，辉夜看到自己孩子理解不了自己的苦心，感到十分失望，于是打算夺回分散给两个孩子身上的查克拉。接着，羽衣和羽村两人手持仙人锡杖对战母亲辉夜。神树为了保护辉夜而变成了十尾，三人之间战斗持续了数月，这场战斗给世界来带了巨大的灾难，最后，羽衣和羽村的力量超越了辉夜，两人利用阴阳之力地爆天星封印了自己的母亲，大地上的石头飞向空中将辉夜包成了一颗球形石头，然后飞往无人能及的高空，形成了月亮，同时，羽衣也将失去力量的十尾空壳偷偷封印在了月亮上。之后羽衣解除了无限月读，使被神树包住的人们得以解脱。事后，羽衣认为拥有庞大查克拉的十尾会给世界带来灾难，因此他将十尾的查克拉吸收在自己的体内，并将十尾分成了九只尾兽，以此弱化十尾的力量，然后培养九只尾兽让它们相信人类并帮助人类。为了看守外道魔像，于是羽村率领着部分大筒木一族的人移居到了月球生活。此后，大筒木羽衣成为了地球忍者的开山始祖。但两兄弟都不知道，在辉夜被封印之前，她用自己的意志和肉体创造了黑绝，并计划利用黑绝复活自己。由于与辉夜的战斗给世间造成了巨大的灾难，为了修复荒芜的大地以及寻找尾兽的居所，羽衣踏上了赎罪之旅。期间他感悟到查克拉的意义是连接人与人之间的力量。为了创造一个没有战争，人人都能和平共处的世界，羽衣创立了忍宗，其意义是将查克拉化为连接人与人之间的羁绊。一路上羽衣收留了许多徒弟，并为九只尾兽找到了合适的居所，旅途结束后羽衣回到家乡，将这里划分为忍宗的总部。数年后，羽衣回到故乡并娶妻生子，妻子因难产而离开了人世，只留下因陀罗与阿修罗两个孩子。
可敬
为了选定忍宗的继承人，羽衣将自己的力量和意志托付给两个孩子。哥哥因陀罗继承了强大的查克拉基因，一出生就有了强大的实力，而弟弟阿修罗却没有继承强大的查克拉基因，为了跟其他人合作，他需要付出更多的努力，承受着一切的艰难困苦并努力修行。阿修罗体内的查克拉觉醒后获得了与他哥哥相同的力量。在阿修罗的生存方式之下，羽衣看到了一种新的可能性，相信与同伴之间的互相信任与协助，才是真正的力量之源。于是羽衣在临终前将忍宗的力量与意志托付给两个儿子时，选择阿修罗为忍宗首领，让他引领世人，本以为他的“哥哥“因陀罗会辅助弟弟完成大业然而因陀罗并不接受羽衣的安排，并因此与阿修罗针锋相对。正因羽衣选择了拥有仙人之体、主张以爱达成和平的弟弟阿修罗作为继承人，而不是拥有仙人之眼、主张以力量达成和平的哥哥因陀罗，因此他们两个人的子孙随着时代的推进而不停战斗、漫长且无休止的战争……虽然他们的身体都被摧毁了，但是他们的查克拉并没消失而且随着时间而轮回，无穷无尽，无休止地，导致地球的忍者们从未停止战争，人类一直将查克拉作为兵器使用。最终羽衣走完了一生，临死前他将尾兽们分散到世界各地，并告知尾兽们不论分散到什么地方他们之间都是同伴，有一天将合而为一，此后将背负不同的形态和名字重新出发，不会像在他体内一样，他们将被正确引导何谓真正的力量。在第四次忍界大战中，羽衣以残余查克拉的形式登场，同时出现于鸣人和佐助的精神世界中，向两人讲述了自己的两个儿子——天才、自负的因陀罗和废柴、自强的阿修罗对抗的经历，表示二人的查克拉并未消亡，一代一代地被传承了下来，其中阿修罗的查克拉就附在鸣人身上，而佐助身上则附有因陀罗的查克拉，两人的对立其实是在继续着先辈们无休止的轮回与对抗，在询问两人想要做些什么并得到答案后，羽衣将自己的力量赋予鸣人、佐助，并将未来托付给二人。接受六道仙人的查克拉馈赠后的鸣人与佐助，分别获得了六道仙人的力量：鸣人右手掌获得了封印术式阳之力，并学会了六道仙人模式，能使用阴阳遁术；而佐助的左手掌获得了封印术式阴之力，左眼进化成了六勾玉轮回眼，轮回眼开启完全体须佐能乎，能够抵挡无限月读的光芒。无限月读的光芒削弱以后，大筒木辉夜复活并说出自己知道羽衣的两个儿子因陀罗和阿修罗。无限月读发动后，感觉到不妙的四位火影赶到现场，却只发现了之前斑被佐助切断的下半身，为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当柱间触摸到失败的斑的下半身时，刹那间，感应到因陀罗、阿修罗、九尾查克拉合二为一的大筒木羽衣出现在四位火影的面前，并详细告诉众火影目前的形势。
鸣人和佐助利用六道仙人的查克拉赐予的阴阳之力成功发动了六道地爆天星，封印了大筒木辉夜，九只尾兽也因此而释放了出来，之后阴阳之力被收回，无法使用六道·地爆天星。辉夜的始球空间即将崩溃，六道仙人得知辉夜被封印后，从极乐净土召唤历代五影的灵魂，之后六道仙人与17位已逝去的五影共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。羽衣对鸣人等人拯救了忍者世界表达感谢，之后解除秽土转生，17位五影的灵魂回归净土。
而大和，幼年时期作为大蛇丸的实验体，被植入柱间细胞进行培养。因为幼体缺乏足够的耐力来承受柱间细胞的力量，同期其余五十九个试验体幼儿相继死亡，自身也被大蛇丸认为是试验失败品而被放弃。但最终自身求生的意念使其顽强地存活了下来并幸运地被志村团藏发现而免遭死亡厄运。由于在幼年时期目睹了众多其他试验孩子相继死亡的悲惨命运，在小时候就已产生了“守护”的愿望却因为任人摆布的试验体命运而无法实现，使其内心深处留下了无法磨灭的痛苦烙印。经历了悲惨的试验过程之后，作为唯一的幸存者，承受住了身体内所移植的柱间细胞之力并因此继承了初代火影的血继限界。脱离大蛇丸实验之后，因团藏的缘故加入由团藏掌管的“根”组织并成为忍者，代号为“甲“。因为继承初代细胞之力而深得团藏器重亲自指导其忍术训练，并得到初代火影的木遁忍术书由此开始学习木遁之术，十岁时凭借其掌握的木遁能力已经成为团藏得力的部下。第四代火影波风水门去世后，因不满稳健派的第三代火影重新掌权，团藏派遣甲与其他“根”忍者实行暗杀第三代火影的任务。在刺杀过程中与旗木卡卡西交手，被卡卡西打倒却被对方放过，理由是其木遁忍术对木叶的将来有着非同寻常的重要意义。
大蛇丸人体试验暴露后，从木叶叛逃出村计划逃离火之国。团藏给予甲任务前往约定的秘密据点，协助大蛇丸出逃。甲在秘密据点与能够将肉体烟雾化的能力一族伊布里相遇，由于长相与伊布里雪见的弟弟伊布里天藏十分接近而被对方误认为是自己弟弟。后得知伊布里天藏在被大蛇丸带走后不幸成为了试验对象。追踪到秘密基地的卡卡西同伊布里一族发生战斗，中了伊布里吾太的烟熏之术情况危急。甲以木遁出手救下卡卡西，并在雪见的帮助下转移到了安全地带。随后帮助雪见实现了多年来希望一睹外面世界的夙愿，在途中联想起过去的试验体经历，内心再次产生了守护同伴的强烈意愿，因此与追踪赶来的卡卡西再次发生冲突，并一度说出了“我是天藏”来表达自己守护的决心。因为无意间得知大蛇丸的意图以及一族面临的危险，雪见悄然离去并打算自我牺牲。为保护雪见不受大蛇丸的伤害，与卡卡西一同返回行动并发现大蛇丸已将伊布里一族屠灭并准备对雪见下手。大蛇丸因受了重伤行动不便，在取得雪见血液之后便继续逃离。雪见因身体经受烟雾化无法复原而危在旦夕；在伊布里族人灵魂的帮助下，甲依靠强烈的守护愿望成功地以木遁的生命力恢复了雪见的身体，成功挽救了伊布里一族的最后族人。之后同卡卡西、伊布里雪见道别，三人踏上了各自的道路，甲打算依旧作为“根”的一名忍者继续循规蹈矩地活下去。在与卡卡西分别三年后，甲已成长为一名实力强大的忍者，此时团藏盯上了卡卡西的写轮眼并打算夺取作为自己右眼的替代品，甲接受了夺取卡卡西写轮眼的任务并跟踪卡卡西进入大蛇丸废弃的据点，中途现身并与卡卡西一同进入试验点侦察情况。由于误解了卡卡西误杀野原琳的真相，认为对方也只是为任务而对同伴下手之人，遂下定决心向卡卡西下杀手，两人发生激战。在交战过程中被愤怒的卡卡西以千鸟击倒并被对方俘虏。由于双方交战之时不慎打破了大蛇丸试验大蛇的培养缸而遭遇大蛇攻击，甲被试验大蛇吞入腹中。后被卡卡西相救脱险而明白了对方重视同伴的真正心意，帮助中毒的卡卡西脱险并决定中途放弃任务并返回向团藏报告任务失败。因为违反了“根”任务绝对的教条，并在与团藏对峙中一度自我意识的觉醒，表示自己不仅是“根”的成员，更是木叶的忍者，不应该伤害木叶的同伴，让团藏大为震惊并开启写轮眼使用幻术，团藏决定用更为强力的咒印对其进行束缚。在即将被进行咒印束缚之时被冒险闯入“根”基地的卡卡西所救并跟随卡卡西逃离“根”基地，途中遭到“根”成员以及团藏的阻挠陷入危机。关键时刻应卡卡西请求的第三代火影率暗部及时赶到制止了团藏，在阐述了木遁忍者的重要性之后希望能将甲从“根”调离并编入火影直属暗部。团藏无奈之下答应，同意甲脱离“根”加入火影直属暗部。
加入火影直属暗部后，被编入卡卡西所在的六班，称呼卡卡西为前辈，并正式以天藏作为称号开始自己的暗部生涯。继初代火影以来，天藏是现今木叶唯一能够使用木遁秘术的人，“木遁天藏”的称号无人不知，由于施加在体内的遗传因子而背负的沉重宿命，天藏一边承受着这些，一边发挥着自己的力量，从三代直属暗部时期起，就被誉为是暗部武艺高超的精英，他的实力比资料上表现得更加显著：D级～S级，在所有任务中，他所领导的队员的生还率是出类拔萃的。风影夺还战之后，为了应对旗木卡卡西受伤时的情况，五代目火影宇智波林渊经研究编成了新卡卡西班，因为拥有控制人柱力的木遁之力，天藏作为暗部精英被选拔出来担任代理队长，隐瞒“天藏”的暗部代号，用“大和”代号作为第七班代理队长。大和同漩涡鸣人、春野樱、佐井组成新第七班并前往天地桥实行抓捕蝎安插在大蛇丸身旁间谍的任务。对于最初鸣人与佐井的不和而伤透脑筋并不得不对鸣人实施”恐怖方式“管理。他强调小队的合作性，认为作为忍者不可缺少的，就是信任伙伴的意志。在天地桥之战中，在鸣人遭遇大蛇丸情绪失控产生九尾查克拉暴走的紧急情况下，使用木遁封印术压制住了尾兽查克拉，同时用木分身之术跟踪发现了大蛇丸的巢穴。之后，鸣人因自己与对方实力的差距而下定决心进行新术的修炼，与卡卡西一同帮助鸣人进行查克拉性质变化的修炼以及新术的开发，由于自己木遁的能力能抑制九尾查克拉，以此防止使用多重影分身修炼的鸣人查克拉失控。使用土遁·土流城壁以及水遁·泷壶之术为鸣人讲解查克拉的性质变化以及用木遁之术阐述了血继限界的本质，帮助鸣人完成了风属性查克拉的性质变化。因为修炼过程中需要留意九尾查克拉的情况，必须时刻集中精神准备木遁封印术火影式耳顺术廓庵入廛垂手来应对。最终鸣人成功靠风属性查克拉斩断了泷壶之术的大瀑布而顺利完成了风属性查克拉性质变化的修炼。在与晓组织飞段，角都的战斗中，猿飞阿斯玛壮烈牺牲。卡卡西陪同第十班前往为阿斯玛复仇，委托大和继续帮助鸣人完成新术风遁·螺旋手里剑的开发。
在与角都的战斗中，卡卡西与第十班一度陷入苦战，在关键时刻大和带领第七班及时赶到增援，并以水遁·破奔流配合鸣人的风遁·螺旋丸形成组合忍术飓风水涡之术一举将角都的风火遁破解。角都被鸣人的新术重创并最后被卡卡西击杀。佩恩袭击木叶之时，因外出执行任务不在村中，任务中途因得知鸣人情绪失控呈现六尾之时而紧急返回木叶，在木叶危机过后使用连柱家之术帮助重建村落。佩恩袭击木叶事件之后，五大国遂展开行动举行五影会谈。因宇智波佐助加入晓组织并袭击云隐村八尾人柱力奇拉比而被列为五大国通缉要犯并被下令抹杀。得知此事后的鸣人执意要去寻找并说服四代目雷影收回抹杀佐助的命令。为保护鸣人，大和与卡卡西一并陪同前往铁之国面见雷影，结果再次与“面具男”相遇，并得知对方的月之眼计划。之后佐助大闹五影会谈，大和受卡卡西嘱咐看护鸣人，但未能察觉对方影分身而被鸣人逃脱前往寻找佐助。