玄天带着军队离开了，李世民安排尉迟恭前往皇帝身边。
尉迟恭身披铠甲，手握双鞭，径直来到高祖所在的船上。高祖大惊，问道：“今日作乱的人是谁，爱卿到此做什么？”
尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”
高祖看向裴寂等人问道：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办？”
萧瑀和陈叔达回应道：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”
高祖点头说道：“好，这正是我素来的心愿啊。”尉迟恭请求皇帝颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，皇帝李渊听从了他的建议。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。
高祖又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。于是，高祖召世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。”世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。
接下来李建成儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿被玄天圈进起来。
另外将他们的名字在名册上删除。传说李世民恐惧兄弟的鬼魂前来索命，于是派尉迟恭与秦琼担任门前守卫，但后来因两人年老，无法长期担任，只好转绘制两人的画像挂在门口，成为后世门神的由来。
原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，后来成为李世民的后宫组成部分，其中较著名的是原来李元吉的妻子杨氏，李元吉死后被李世民纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为“巢剌王妃“，是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。
这也是李世民为部分学者所诟病的原因，认为他霸占弟媳，有悖伦常。不过也有学者认为李唐皇室本就有北方少数民族血统，较中原汉族更为开放，兄纳弟媳很正常，他们的思想中乱伦的概念较为淡薄。
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，玄天则是建议：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法。”
于是诸将领停止了追杀。当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都任凭秦王处置。
武德九年7月5日，高祖立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。
武德九年7月10日，高祖任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。高祖还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
当初，太子洗马魏征经常劝说太子李建成及早除去秦王。玄武门事变后李世民传召魏征，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为魏征担惊受怕，魏征却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”
李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。